RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 KIF17Q9P2E2 1029 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 RNF7Q9UBF6 113 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 SCOCQ9UIL1 159 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 CDH10Q9Y6N8 788 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GUS0 222 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 CD300LBA8K4G0 201 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 WIPF1O43516 503 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 HMGA2P52926 109 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 GPR157Q5UAW9 335 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 PGBD2Q6P3X8 592 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 C16orf87Q6PH81 154 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ZNF841Q6ZN19 808 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 NAA40Q86UY6 237 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 DDOQ99489 341 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ADAT1Q9BUB4 502 aaKnown RBP15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 FAM192AQ9GZU8 254 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 FN3KQ9H479 309 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 NOX4Q9NPH5 578 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 IL20Q9NYY1 176 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ERVK-18Q9QC07 812 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 MMP24Q9Y5R2 645 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ARPC2O15144 300 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 FAM201AQ5SY85 155 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ZNF362Q5T0B9 420 aaPredicted RBP15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 ZDHHC21Q8IVQ6 265 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 PROKR2Q8NFJ6 384 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 OR10S1Q8NGN2 331 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 TRIM15Q9C019 465 aa15.34■□□□□ 0.05
CLN3-241ENST00000635861 TRAV38-1A0A0B4J264 116 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-64DA0A0J9YX35 117 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 MAGEA13PA6NCF6 341 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 A6NHS1 94 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SRRM5B3KS81 715 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 LGALS8O00214 317 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 P2RY10O00398 339 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 BHLHE40O14503 412 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 CA6P23280 308 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 PRAMEF6Q5VXH4 476 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 LYPD2Q6UXB3 125 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TMEM86BQ8N661 226 aa15.33■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 KIR2DP1A0A0G2JNF4 349 aaPredicted RBP15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 GGT3PA6NGU5 568 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 XRCC2O43543 280 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 DDOSTP39656 456 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 BLVRAP53004 296 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 RPL15P61313 204 aaKnown RBP15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 FGF12P61328 243 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ZNF92Q03936 586 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 MPPED2Q15777 294 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 PCK2Q16822 640 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SNAI3Q3KNW1 292 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SLC35F1Q5T1Q4 408 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 RASSF6Q6ZTQ3 369 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 PNLDC1Q8NA58 520 aaKnown RBP15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ZDHHC16Q969W1 377 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 FAM71F1Q96KD3 344 aaPredicted RBP15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 KCNJ15Q99712 375 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 EGLN3Q9H6Z9 239 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 UFSP2Q9NUQ7 469 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 C14orf119Q9NWQ9 140 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 BAIAP2Q9UQB8 552 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 LYVE1Q9Y5Y7 322 aa15.32■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3OR16-10A0A075B7F0 116 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ZNF879B4DU55 563 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 HOXA3O43365 443 aaPredicted RBP15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TRIM25Q14258 630 aaKnown RBP15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TEX30Q5JUR7 227 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 LNX2Q8N448 690 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TMIGD2Q96BF3 282 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ASB9Q96DX5 294 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TECTBQ96PL2 329 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 COPS4Q9BT78 406 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 COMMD3-BMI1R4GMX3 469 aa15.31■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 OOEPA6NGQ2 149 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 C22orf46C9J442 243 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ZNF878C9JN71 531 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ACOT8O14734 319 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TNFRSF13BO14836 293 aaPredicted RBP15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ECDO95905 644 aaPredicted RBP15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 FMO3P31513 532 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 PYCR1P32322 319 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 MSX2P35548 267 aaPredicted RBP15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 CFHR2P36980 270 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 ENTPD1P49961 510 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 PRSS12P56730 875 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 MS4A2Q01362 244 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 DEFB112Q30KQ8 113 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 GLYATL3Q5SZD4 288 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 BRD3OSQ6XYD6 125 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 Q6YL49 198 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SPATC1Q76KD6 591 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 DCXRQ7Z4W1 244 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 CYB561A3Q8NBI2 242 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SPSB4Q96A44 273 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 SP140LQ9H930 580 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 POMT1Q9Y6A1 747 aa15.3■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 CMYA5Q8N3K9 4069 aa15.29■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 TNFRSF11BO00300 401 aa15.29■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 APOC1P02654 83 aa15.29■□□□□ 0.04
CLN3-241ENST00000635861 MAGEA2P43356 314 aa15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.3 ms