RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SHISA3	A0PJX4	238 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520		F5H5K5	113 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NDUFS8	O00217	210 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RER1	O15258	196 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KCNAB3	O43448	404 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SELENOF	O60613	162 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FAM20B	O75063	409 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IGKV3-15	P01624	115 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MMP7	P09237	267 aa	Predicted RBP	7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SBK2	P0C263	348 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GAA	P10253	952 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	VAMP1	P23763	118 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	APEX1	P27695	318 aa	Known RBP	7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IL2RG	P31785	369 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ISL1	P61371	349 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GRB2	P62993	217 aa	Known RBP	7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ACTC1	P68032	377 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ACTA1	P68133	377 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RAB40B	Q12829	278 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MLANA	Q16655	118 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MST1L	Q2TV78	715 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LINC01590	Q5TEZ4	76 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	OTP	Q5XKR4	325 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SPATC1	Q76KD6	591 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TIGD4	Q8IY51	512 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	C1orf174	Q8IYL3	243 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	STX19	Q8N4C7	294 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF540	Q8NDQ6	660 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	OR10H4	Q8NGA5	316 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	OTOS	Q8NHW6	89 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FGFBP3	Q8TAT2	258 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CNBD2	Q96M20	576 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	COG8	Q96MW5	612 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	COQ7	Q99807	217 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ATF6B	Q99941	703 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	COPS4	Q9BT78	406 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	WNT5B	Q9H1J7	359 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MARCH7	Q9H992	704 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	AMBN	Q9NP70	447 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CRNN	Q9UBG3	495 aa	Predicted RBP	7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IKZF2	Q9UKS7	526 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LHFPL6	Q9Y693	200 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	COMMD3-BMI1	R4GMX3	469 aa		7.48	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EFCAB10	A6NFE3	127 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF878	C9JN71	531 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PTGES3L	E9PB15	166 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF254	O75437	659 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ABHD16A	O95870	558 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HPX	P02790	462 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LCAT	P04180	440 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KRT8	P05787	483 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LCK	P06239	509 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CECR9	P0C854	216 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CCL2	P13500	99 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF14	P17017	642 aa	Predicted RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MYL12A	P19105	171 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A5	P22732	501 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MYF6	P23409	242 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EEF1B2	P24534	225 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GCH1	P30793	250 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RPS27	P42677	84 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLC6A9	P48067	706 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RGS6	P49758	472 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HCCS	P53701	268 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CXCR4	P61073	352 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RPS23	P62266	143 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SNRPD2	P62316	118 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NAAA	Q02083	359 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	DBP	Q10586	325 aa	Predicted RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MALL	Q13021	153 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MOG	Q16653	247 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	DEGS2	Q6QHC5	323 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	VHLL	Q6RSH7	139 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHG7	Q6ZR37	379 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RHOU	Q7L0Q8	258 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FAM220A	Q7Z4H9	259 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ACBD7	Q8N6N7	88 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF283	Q8N7M2	679 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CPEB3	Q8NE35	698 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ABHD4	Q8TB40	342 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MYDGF	Q969H8	173 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TMEM80	Q96HE8	168 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	C4orf45	Q96LM5	186 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TBX5	Q99593	518 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ15	Q99712	375 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ABHD6	Q9BV23	337 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	BCL2L14	Q9BZR8	327 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NIPAL2	Q9H841	368 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	AASS	Q9UDR5	926 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GPR160	Q9UJ42	338 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	BLOC1S6	Q9UL45	172 aa		7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EXOG	Q9Y2C4	368 aa	Known RBP	7.47	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		7.47	□□□□□ -1.21

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