RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 FAM209BQ5JX69 171 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 NKAPLQ5M9Q1 402 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 C1orf189Q5VU69 101 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TMEM244Q5VVB8 128 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ANGPTL5Q86XS5 388 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 NKAIN3Q8N8D7 197 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MESP1Q9BRJ9 268 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SOX7Q9BT81 388 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TREM1Q9NP99 234 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 NPIPA1Q9UND3 350 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 RPH3AQ9Y2J0 694 aaPredicted RBP11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 THADAQ6YHU6 1953 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MSGN1A6NI15 193 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 H0YIZ8 118 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 DUS4LO95620 317 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TTRP02766 147 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 CD37P11049 281 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 HLA-GP17693 338 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 AIMP2Q13155 320 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 HFEQ30201 348 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 H3F3CQ6NXT2 135 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 COMMD2Q86X83 199 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZDHHC22Q8N966 263 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZSCAN4Q8NAM6 433 aaPredicted RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TMEM104Q8NE00 496 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR10R2Q8NGX6 335 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR4K15Q8NH41 348 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 LMX1AQ8TE12 382 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 KLHDC7BQ96G42 594 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 WWTR1Q9GZV5 400 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF107Q9UII5 783 aaPredicted RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 VDAC3Q9Y277 283 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 FAM96BQ9Y3D0 163 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 IGHV3-20A0A0C4DH32 117 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 A0A1W2PP11 408 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MS4A18H0YCH9 400 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OPN1LWP04000 364 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ISG15P05161 165 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 PVALBP20472 110 aaPredicted RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 GALNSP34059 522 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MS4A18Q3C1V0 323 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 CCDC157Q569K6 752 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 PHF19Q5T6S3 580 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 GRINAQ7Z429 371 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 BAP18Q8IXM2 172 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR1M1Q8NGA1 313 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR5T2Q8NGG2 359 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF285Q96NJ3 590 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 RNF126Q9BV68 326 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 BANF2Q9H503 90 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF629Q9UEG4 869 aaPredicted RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 H3BML4 177 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TPT1P13693 172 aaKnown RBP11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 RAB6AP20340 208 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MICBQ29980 383 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 UQCC3Q6UW78 93 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 LANCL3Q6ZV70 420 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR4A4PQ8NGN8 299 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 PTX4Q96A99 478 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 IGKV3D-11A0A0A0MRZ8 115 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 RAB19A4D1S5 217 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MPIG6BO95866 241 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ABOP16442 354 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 NPBWR1P48145 328 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 EMP2P54851 167 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 QRFPP83859 136 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ELAVL1Q15717 326 aaKnown RBP11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 GFOD2Q3B7J2 385 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 CHCHD2P9Q5T1J5 151 aaPredicted RBP11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 KIAA0895LQ68EN5 471 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SLC22A24Q8N4F4 322 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF565Q8N9K5 539 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR51E1Q8TCB6 317 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SGK3Q96BR1 496 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SLAMF6Q96DU3 332 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TMEM41AQ96HV5 264 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 HRH4Q9H3N8 390 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 CD207Q9UJ71 328 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 WDFY3Q8IZQ1 3526 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SOCS1O15524 211 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 BCKDHBP21953 392 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ANOS1P23352 680 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 MRPS21P82921 87 aaKnown RBP11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 SGCAQ16586 387 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZS52 159 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 TMPRSS9Q7Z410 1059 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 C2CD4CQ8TF44 421 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ASB10Q8WXI3 467 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 C5orf34Q96MH7 638 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 PBOV1Q9GZY1 135 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 FAM206AQ9NX38 181 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 UNC13CQ8NB66 2214 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF705EA8MWA4 302 aaPredicted RBP11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 FTCDNL1E5RQL4 147 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 FGF16O43320 207 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 OR2T1O43869 369 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 FARS2O95363 451 aaKnown RBP11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 DRD1P21728 446 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 NFYBP25208 207 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-210ENST00000563874 ZNF93P35789 620 aaPredicted RBP11.73□□□□□ -0.53
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.2 ms