RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	CRABP1	P29762	137 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ECH1	Q13011	328 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CD276	Q5ZPR3	534 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ARPIN	Q7Z6K5	226 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ZBTB46	Q86UZ6	589 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SSMEM1	Q8WWF3	244 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	DYRK2	Q92630	601 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ZDHHC16	Q969W1	377 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	FAM46A	Q96IP4	442 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	DHRS1	Q96LJ7	313 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	HCAR1	Q9BXC0	346 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SIRPD	Q9H106	197 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	MARCH7	Q9H992	704 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	B9D1	Q9UPM9	204 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100		M0QZ24	198 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CXCR6	O00574	342 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	TIMM23	O14925	209 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ARPC3	O15145	178 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFA2	O43678	99 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	FAM20B	O75063	409 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	FCN3	O75636	299 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	PROK1	P58294	105 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	MPPED2	Q15777	294 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	MEP1B	Q16820	701 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SLC18B1	Q6NT16	456 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CGB2	Q6NT52	195 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	C17orf107	Q6ZR85	190 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RRM2B	Q7LG56	351 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	LDLRAD3	Q86YD5	345 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	OR6V1	Q8N148	313 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	BHLHE23	Q8NDY6	225 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	LINC01006	Q8NI28	216 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	C7orf34	Q96L11	122 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	TSSK2	Q96PF2	358 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SLC22A4	Q9H015	551 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CYB5R1	Q9UHQ9	305 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	IGHV3-64D	A0A0J9YX35	117 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	LGALS8	O00214	317 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	NME4	O00746	187 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SOCS2	O14508	198 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CRYBA1	P05813	215 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SFTPB	P07988	381 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	GGT2	P36268	569 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	MDH1	P40925	334 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RPS6KA3	P51812	740 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	LIPE	Q05469	1076 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	PDCD1	Q15116	288 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	DNM1P34	Q6PK57	102 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CFAP77	Q6ZQR2	320 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	NAA40	Q86UY6	237 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	OR11L1	Q8NGX0	322 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RSRC1	Q96IZ7	334 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	DMRTB1	Q96MA1	342 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	WDFY2	Q96P53	400 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	WDR76	Q9H967	626 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	VIPAS39	Q9H9C1	493 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ACOXL	Q9NUZ1	547 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ERVK-18	Q9QC07	812 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RNF7	Q9UBF6	113 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	KAAG1	Q9UBP8	84 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	GMDS	O60547	372 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF682	O95780	498 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	LHB	P01229	141 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	H1F0	P07305	194 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	IRF2	P14316	349 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RHCE	P18577	417 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	IER3	P46695	156 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SEC23B	Q15437	767 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	KCNJ8	Q15842	424 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	CORO6	Q6QEF8	472 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	TBC1D15	Q8TC07	691 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	HOPX	Q9BPY8	73 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RERGL	Q9H628	205 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	C16orf95	Q9H693	158 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	SMURF1	Q9HCE7	757 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	TRIM36	Q9NQ86	728 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	RPS6KA6	Q9UK32	745 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	NOP16	Q9Y3C1	178 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-255	ENST00000637100	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	TOX4	O94842	621 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	SERPINA1	P01009	418 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	IGHV1-69	P01742	117 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	GSK3B	P49841	420 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	TRAP1	Q12931	704 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	RFX4	Q33E94	735 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	SLC36A3	Q495N2	470 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	PRAMEF6	Q5VXH4	476 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	BRICD5	Q6PL45	260 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	SMARCD3	Q6STE5	483 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-255	ENST00000637100	FKBP9P1	Q75LS8	142 aa		13.58	□□□□□ -0.24

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