RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	TAF13	Q15543	124 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	ATP6AP1	Q15904	470 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	PLBD1	Q6P4A8	553 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	FAHD1	Q6P587	224 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	DPY19L4	Q7Z388	723 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	AMIGO2	Q86SJ2	522 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	ERI1	Q8IV48	349 aa	Known RBP	12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	CPO	Q8IVL8	374 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	LINC01356	Q8N9X3	169 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	BHLHE23	Q8NDY6	225 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	OR8G5	Q8NG78	346 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	ST7L	Q8TDW4	575 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	ITLN1	Q8WWA0	313 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	SPTSSA	Q969W0	71 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	C1orf159	Q96HA4	380 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	COPS4	Q9BT78	406 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	BEX2	Q9BXY8	128 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	PAPOLB	Q9NRJ5	636 aa	Known RBP	12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	DCAF16	Q9NXF7	216 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	WIPI2	Q9Y4P8	454 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	AP4S1	Q9Y587	144 aa		12.03	□□□□□ -0.48
PNKP-223	ENST00000629179	IQCF6	A8MYZ5	107 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179		H0YL77	283 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	MITF	O75030	526 aa	Predicted RBP	12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CIB2	O75838	187 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TNFSF4	P23510	183 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	FAS	P25445	335 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CRISP1	P54107	249 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SNAI3	Q3KNW1	292 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ASRGL1	Q7L266	308 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	BBS1	Q8NFJ9	593 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	LRTOMT	Q8WZ04	291 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	RAB1C	Q92928	201 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	DUS3L	Q96G46	650 aa	Known RBP	12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TIMD4	Q96H15	378 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	PLEKHA8	Q96JA3	519 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	INTS14	Q96SY0	518 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	MARCH7	Q9H992	704 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A19	Q9HC21	320 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TVP23B	Q9NYZ1	205 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		12.02	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179		B4DSR2	109 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF878	C9JN71	531 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179		G3V2T6	193 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SLC2A1	P11166	492 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF1A	P19438	455 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	MALL	Q13021	153 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CR1L	Q2VPA4	569 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	KLHL12	Q53G59	568 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	DRAM2	Q6UX65	266 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC121	Q6ZUS5	278 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF771	Q7L3S4	317 aa	Predicted RBP	12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TIGD4	Q8IY51	512 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF283	Q8N7M2	679 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	OR10AD1	Q8NGE0	317 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	OR2AE1	Q8NHA4	323 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	DNAJC9	Q8WXX5	260 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	OR2V2	Q96R30	315 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	AMELY	Q99218	206 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	KCNJ15	Q99712	375 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SLC30A2	Q9BRI3	323 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ABHD6	Q9BV23	337 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	LPAR2	Q9HBW0	351 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	IL19	Q9UHD0	177 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	COL6A5	A8TX70	2615 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV3-64D	A0A0J9YX35	117 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179		F5H5P2	479 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	MLNR	O43193	412 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SELENOF	O60613	162 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	HLA-DPB1	P04440	258 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SELE	P16581	610 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF92	Q03936	586 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SLC3A1	Q07837	685 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	PTGES3	Q15185	160 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SNAPC1	Q16533	368 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	GLYATL3	Q5SZD4	288 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	PGAP1	Q75T13	922 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	CXXC5	Q7LFL8	322 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SHF	Q7M4L6	423 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL21	Q7Z2W9	205 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	PARP8	Q8N3A8	854 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TEX12	Q9BXU0	123 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	SEMA6A	Q9H2E6	1030 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF665	Q9H7R5	613 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	KRT84	Q9NSB2	600 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM106B	Q9NUM4	274 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM100	Q9NV29	134 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-223	ENST00000629179	LPAR3	Q9UBY5	353 aa		12	□□□□□ -0.49

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