RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468534.1

CCDC88A-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88A, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88A, Length 536 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88A-210ENST00000468534 N4BP2L1Q5TBK1 243 aaPredicted RBP4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PLPP4Q5VZY2 271 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FBXW9Q5XUX1 488 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR8G2PQ6IF36 304 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM71E1Q6IPT2 247 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DHRS11Q6UWP2 260 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MBOAT2Q6ZWT7 520 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CYS1Q717R9 158 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 Q75L30 129 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PEX26Q7Z412 305 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SMIM29Q86T20 159 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CPNE9Q8IYJ1 553 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ACVR1CQ8NER5 493 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GPR32P1Q8NGA4 272 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR52H1Q8NGJ2 320 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR1S2Q8NGQ3 325 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TFB1MQ8WVM0 346 aaKnown RBP4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 HPSE2Q8WWQ2 592 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CPNE2Q96FN4 548 aaPredicted RBP4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SCMH1Q96GD3 660 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC45A3Q96JT2 553 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TCEAL7Q9BRU2 100 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TMEM121Q9BTD3 319 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RAB34Q9BZG1 259 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DSN1Q9H410 356 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ZBTB20Q9HC78 741 aaPredicted RBP4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 AMBNQ9NP70 447 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MCUBQ9NWR8 336 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 B3GNT2Q9NY97 397 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FBXL2Q9UKC9 423 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SAMD4AQ9UPU9 718 aaKnown RBP4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SCML2Q9UQR0 700 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 UFC1Q9Y3C8 167 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CEP152O94986 1710 aa4.06□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM231BA6NCW3 169 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PRR32B1ATL7 298 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 C2CD4DB7Z1M9 353 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PPP5D1E7EU14 171 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SYNGR1O43759 233 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MGRN1O60291 552 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ZG16O60844 167 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 EIF3GO75821 320 aaKnown RBP eCLIP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR7A10O76100 309 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 S1PR2O95136 353 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 VENTXO95231 258 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GPR75O95800 540 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CATP04040 527 aaKnown RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RLN2P04090 185 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 THY1P04216 161 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR10J4P0C629 311 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 H2AFXP16104 143 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PVALBP20472 110 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ATP6V1B2P21281 511 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 HTR1EP28566 365 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PIGAP37287 484 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RFC3P40938 356 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GLP1RP43220 463 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 XCR1P46094 333 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RAB25P57735 213 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RAB8AP61006 207 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PITX1P78337 314 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CD300CQ08708 224 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 BAMBIQ13145 260 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR2F1Q13607 317 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR1Q1Q15612 314 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PSMD5Q16401 504 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DUOXA1Q1HG43 343 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PYCR3Q53H96 274 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SIRPB2Q5JXA9 342 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 STEAP1BQ6NZ63 245 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 Q6ZRG5 221 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GRINAQ7Z429 371 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CMC1Q7Z7K0 106 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FBXO16Q8IX29 292 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 LINC01561Q8N1V8 128 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR2L13Q8N349 312 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 LRRC25Q8N386 305 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 KLHDC1Q8N7A1 406 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR4K15Q8NH41 348 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR56B4Q8NH76 319 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ARRDC2Q8TBH0 407 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 HAVCR2Q8TDQ0 301 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GPR148Q8TDV2 347 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ABHD3Q8WU67 409 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SDR42E1Q8WUS8 393 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ART4Q93070 314 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PNPLA2Q96AD5 504 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 HAUS1Q96CS2 278 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ADTRPQ96IZ2 230 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF599Q96NL3 588 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DOK1Q99704 481 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GGACTQ9BVM4 153 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TXNIPQ9H3M7 391 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 NHEJ1Q9H9Q4 299 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 NMNAT1Q9HAN9 279 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DDIT4Q9NX09 232 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PAM16Q9Y3D7 125 aa4.05□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RPL36Q9Y3U8 105 aaKnown RBP4.05□□□□□ -1.76
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.2 ms