RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468534.1

CCDC88A-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88A, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88A, Length 536 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88A-210ENST00000468534 MS4A2Q01362 244 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 PRPSAP1Q14558 356 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 CYP51A1Q16850 503 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 CEACAM21Q3KPI0 293 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 OR10J3Q5JRS4 329 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 Q6ZT83 130 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 C17orf64Q86WR6 236 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 PGBD5Q8N414 524 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 OR8J3Q8NGG0 315 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 OR6K6Q8NGW6 343 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 FGFBP3Q8TAT2 258 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 SFXN5Q8TD22 340 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 TMEM234Q8WY98 164 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 NTNG2Q96CW9 530 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 NXPE2Q96DL1 559 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 OR5B12Q96R08 314 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 CLCC1Q96S66 551 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 GPR22Q99680 433 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 NIPSNAP3BQ9BS92 247 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 UGT2B28Q9BY64 529 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 RNF41Q9H4P4 317 aaPredicted RBP4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 RNF121Q9H920 327 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 RDH14Q9HBH5 336 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 ACP6Q9NPH0 428 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 TIGARQ9NQ88 270 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 RGS18Q9NS28 235 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC38A7Q9NVC3 462 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 KLRF1Q9NZS2 232 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 BFARQ9NZS9 450 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF319Q9P2F9 582 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 SEC14L4Q9UDX3 406 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC12A6Q9UHW9 1150 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 CD84Q9UIB8 345 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 RALYQ9UKM9 306 aaKnown RBP4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 MRPS18CQ9Y3D5 142 aaKnown RBP4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 SPIN1Q9Y657 262 aaPredicted RBP4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 CLUHO75153 1309 aa4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 PDS5AQ29RF7 1337 aaKnown RBP4.09□□□□□ -1.75
CCDC88A-210ENST00000468534 TINCRA0A1B0GVN0 87 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GJE1A6NN92 205 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RGS16O15492 202 aaPredicted RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MLNRO43193 412 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC16A7O60669 478 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MPDU1O75352 247 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 KHDRBS3O75525 346 aaKnown RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RFPL2O75678 378 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TRAPPC6AO75865 159 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SULT1C4O75897 302 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ATP6V1G2O95670 118 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TTC4O95801 387 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TYMSP04818 313 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 LIMS3P0CW19 117 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 LIMS4P0CW20 117 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SMIM6P0DI80 62 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 CD1EP15812 388 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ALOX5APP20292 161 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GZMHP20718 246 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SERPINA2P20848 420 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 GABRR1P24046 479 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FGF9P31371 208 aaPredicted RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 MNDAP41218 407 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TAS2R38P59533 333 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TAS2R41P59536 307 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 NAA20P61599 178 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ARL16Q0P5N6 197 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ITPK1Q13572 414 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RBM39Q14498 530 aaKnown RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ABRAXAS2Q15018 415 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 PHKG1Q16816 387 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TBC1D28Q2M2D7 210 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FFAR4Q5NUL3 377 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC27A4Q6P1M0 643 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 C9orf139Q6ZV77 190 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM19A1Q7Z5A9 133 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 C5orf24Q7Z6I8 188 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 NIT1Q86X76 327 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ANGPTL5Q86XS5 388 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC30A8Q8IWU4 369 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RNF113BQ8IZP6 322 aaKnown RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 BLIDQ8IZY5 108 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 LGI2Q8N0V4 545 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TPRX1Q8N7U7 411 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF114Q8NC26 417 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR10G3Q8NGC4 313 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR13J1Q8NGT2 312 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR51F2Q8NH61 342 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR10A6Q8NH74 314 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 OR5K2Q8NHB8 316 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ITFG1Q8TB96 612 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 RNF128Q8TEB7 428 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 SECTM1Q8WVN6 248 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 TCEAL3Q969E4 200 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 L3HYPDHQ96EM0 354 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 ZBED6CLQ96FA7 236 aaPredicted RBP4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 APOL4Q9BPW4 351 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 DCTN5Q9BTE1 182 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 FAIM2Q9BWQ8 316 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 VN1R1Q9GZP7 353 aa4.08□□□□□ -1.76
CCDC88A-210ENST00000468534 COMMD4Q9H0A8 199 aa4.08□□□□□ -1.76
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.8 ms