RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000614678.1

CPNE3-208, Transcript of copine 3, human

TSL 1 (best)

Gene CPNE3, Length 4,201 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE3-208	ENST00000614678	TSPAN31	Q12999	210 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GGTLC2	Q14390	218 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM27B	Q5VT28	67 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		Q6ZR03	302 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC37A3	Q8NCC5	494 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR1J1	Q8NGS3	322 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ABHD4	Q8TB40	342 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC25A40	Q8TBP6	338 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	REG4	Q9BYZ8	158 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	POLR2J2	Q9GZM3	115 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	POLR2J3	Q9H1A7	115 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PLK3	Q9H4B4	646 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	LPAR2	Q9HBW0	351 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PRPF19	Q9UMS4	504 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KLHDC2	Q9Y2U9	406 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZSCAN5B	A6NJL1	495 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IGF2	P01344	180 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HLA-DPB1	P04440	258 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NPR2	P20594	1047 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MNAT1	P51948	309 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KPNB1	Q14974	876 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ELFN2	Q5R3F8	820 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AGAP6	Q5VW22	663 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DPY19L2P2	Q6ZN68	376 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR2AE1	Q8NHA4	323 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PPP1R14A	Q96A00	147 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	LRGUK	Q96M69	825 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RBP7	Q96R05	134 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GPX7	Q96SL4	187 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	B3GAT2	Q9NPZ5	323 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IL20	Q9NYY1	176 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		H3BN98	237 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		H3BSH0	61 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	XKRY	O14609	159 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AKAP8	O43823	692 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ENTPD5	O75356	428 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MSR1	P21757	451 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SH3BGR	P55822	239 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TST	Q16762	297 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MTX3	Q5HYI7	312 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM201A	Q5SY85	155 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CLEC9A	Q6UXN8	241 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PLEKHG7	Q6ZR37	379 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC26A10	Q8NG04	563 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ANKRD19P	Q9H560	264 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	EVA1A	Q9H8M9	152 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	REEP1	Q9H902	201 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PLEK2	Q9NYT0	353 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF319	Q9P2F9	582 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DYSF	O75923	2080 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SPRY3	O43610	288 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SYNGR3	O43761	229 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	UBL3	O95164	117 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HLA-DQA2	P01906	255 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ITGA2	P17301	1181 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IFNA8	P32881	189 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HTR5A	P47898	357 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF84	P51523	738 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ELF3	P78545	371 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HSF2	Q03933	536 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PSG7	Q13046	419 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SNAI3	Q3KNW1	292 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AVPI1	Q5T686	147 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TBC1D23	Q9NUY8	699 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DNAJC27	Q9NZQ0	273 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TAAR3P	Q9P1P4	343 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FBXL3	Q9UKT7	428 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TRRAP	Q9Y4A5	3859 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KIAA1324L	A8MWY0	1029 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		F5H5K5	113 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		H3BNX3	289 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SELENOF	O60613	162 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	LINC01590	Q5TEZ4	76 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C1orf146	Q5VVC0	180 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FOXL2NB	Q6ZUU3	175 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR10AD1	Q8NGE0	317 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KLF14	Q8TD94	323 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GNPDA2	Q8TDQ7	276 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MARS2	Q96GW9	593 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SNX18	Q96RF0	628 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KCNS3	Q9BQ31	491 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR51V1	Q9H2C8	321 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	BRD7	Q9NPI1	651 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KCNG2	Q9UJ96	466 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CDH10	Q9Y6N8	788 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GNGT2	O14610	69 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TXNDC12	O95881	172 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MRPL3	P09001	348 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC36A2	Q495M3	483 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PLBD1	Q6P4A8	553 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DEPDC4	Q8N2C3	294 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NUP37	Q8NFH4	326 aa		4.86	□□□□□ -1.63

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