RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 EYA3Q99504 573 aa20.86■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 RTL9Q8NET4 1388 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 CCDC30Q5VVM6 783 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 CDC37L1Q7L3B6 337 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 CCDC191Q8NCU4 936 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 ANKIB1Q9P2G1 1089 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 TSKSQ9UJT2 592 aa20.85■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 PDE8AO60658 829 aa20.84■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 UFL1O94874 794 aa20.84■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 DPF2Q92785 391 aa20.84■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 ZC3H12CQ9C0D7 883 aaKnown RBP20.84■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa20.84■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 CCDC152Q4G0S7 254 aa20.83■□□□□ 0.93
CLN3-246ENST00000636228 LRRC37AA6NMS7 1700 aa20.83■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 G3V3G9 751 aa20.82■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 DDX58O95786 925 aaKnown RBP20.82■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 DCAF8Q5TAQ9 597 aa20.82■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 BEGAINQ9BUH8 593 aa20.82■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 PODXL2Q9NZ53 605 aa20.82■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 PI4KAP2A4QPH2 592 aa20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 WTIPA6NIX2 430 aaPredicted RBP20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 IGKV5-2P06315 115 aa20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 GGA1Q9UJY5 639 aa20.81■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 ADM5C9JUS6 153 aa20.8■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 MAP2K2P36507 400 aa20.8■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 KSR2Q6VAB6 950 aa20.8■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 G2E3Q7L622 706 aa20.8■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 ASTN2O75129 1339 aaPredicted RBP20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 VIL1P09327 827 aaKnown RBP20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 RPS12P25398 132 aaKnown RBP20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 CWF19L2Q2TBE0 894 aaKnown RBP20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 KRT26Q7Z3Y9 468 aa20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 ANKRD18AQ8IVF6 992 aa20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 ZIC5Q96T25 663 aa20.79■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 WWC1Q8IX03 1113 aa20.78■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 HUNKP57058 714 aa20.77■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 KIF4BQ2VIQ3 1234 aa20.77■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 DCPSQ96C86 337 aaKnown RBP20.77■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 HHIPL1Q96JK4 782 aa20.77■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 STK31Q9BXU1 1019 aa20.77■□□□□ 0.92
CLN3-246ENST00000636228 TRPM7Q96QT4 1865 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 SLC4A2P04920 1241 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 CTSWP56202 376 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 TTLL11Q8NHH1 800 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 ABHD8Q96I13 439 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 CHMP4AQ9BY43 222 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 GREM2Q9H772 168 aa20.76■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 GGA3Q9NZ52 723 aa20.75■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP20.75■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 XDHP47989 1333 aa20.75■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 THSD7BQ9C0I4 1608 aa20.75■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 NEURL1BA8MQ27 555 aa20.74■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 ATP2B4P23634 1241 aa20.74■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 NEXNQ0ZGT2 675 aa20.74■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 CCDC27Q2M243 656 aa20.74■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 RSBN1LQ6PCB5 846 aaPredicted RBP20.74■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 SCARF1Q14162 830 aa20.73■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 CDC5LQ99459 802 aaKnown RBP20.73■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 GBA2Q9HCG7 927 aaPredicted RBP20.73■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 MINPP1Q9UNW1 487 aa20.73■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP20.72■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 UBE3BQ7Z3V4 1068 aa20.72■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 C2orf69Q8N8R5 385 aa20.72■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 SCAF8Q9UPN6 1271 aaKnown RBP20.72■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 H7C1W4 665 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 ZNF280AP59817 542 aaPredicted RBP20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 ANGEL2Q5VTE6 544 aaKnown RBP20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 RGMBQ6NW40 437 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 SULF1Q8IWU6 871 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 AGBL3Q8NEM8 1001 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 GMLQ99445 158 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 MXD3Q9BW11 206 aa20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP20.71■□□□□ 0.91
CLN3-246ENST00000636228 USP17L3A6NCW0 530 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 USP17L4A6NCW7 530 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 FAM155AB1AL88 458 aaPredicted RBP20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 NOGQ13253 232 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 USP17L1Q7RTZ2 530 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 CDCA5Q96FF9 252 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 MRS2Q9HD23 443 aa20.7■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 SCN9AQ15858 1988 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 USP17L8P0C7I0 530 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 ZNF157P51786 506 aaPredicted RBP20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 FLIIQ13045 1269 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 PODNQ7Z5L7 613 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 FBXW7Q969H0 707 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 MYOZ2Q9NPC6 264 aa20.69■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 CA12O43570 354 aa20.68■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 CCT4P50991 539 aaKnown RBP20.68■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 GCKRQ14397 625 aa20.68■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 TXNRD3Q86VQ6 643 aa20.68■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 CCDC85CA6NKD9 419 aa20.67■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP20.67■□□□□ 0.9
CLN3-246ENST00000636228 FKBP5Q13451 457 aaPredicted RBP20.67■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49.3 ms