RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	32.21	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	RTL9	Q8NET4	1388 aa		32.2	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	USP48	Q86UV5	1035 aa		32.2	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	32.19	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	PDE8A	O60658	829 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	EGFR	P00533	1210 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	32.17	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	DLK2	Q6UY11	383 aa		32.16	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	32.16	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		32.16	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	UFL1	O94874	794 aa		32.15	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	32.15	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	GGA1	Q9UJY5	639 aa		32.15	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	TSPYL6	Q8N831	410 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	ABHD8	Q96I13	439 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PTPRF-216	ENST00000617451	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	32.13	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		32.13	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	SCN9A	Q15858	1988 aa		32.12	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	CA12	O43570	354 aa		32.12	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	TSKS	Q9UJT2	592 aa		32.12	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451		G3V3G9	751 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	HUNK	P57058	714 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	KSR2	Q6VAB6	950 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		32.09	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	XDH	P47989	1333 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	ADM5	C9JUS6	153 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	IGKV5-2	P06315	115 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	NOG	Q13253	232 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
PTPRF-216	ENST00000617451	CTSW	P56202	376 aa		32.07	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	32.07	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	32.06	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	ZIC5	Q96T25	663 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF609	O15014	1411 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	32.05	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC27	Q2M243	656 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	32.05	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP2B4	P23634	1241 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC184	Q52MB2	194 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	STK31	Q9BXU1	1019 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	GGA3	Q9NZ52	723 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	RGMB	Q6NW40	437 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	SULF1	Q8IWU6	871 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	PODN	Q7Z5L7	613 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	WWC1	Q8IX03	1113 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	GML	Q99445	158 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PTPRF-216	ENST00000617451	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	32.01	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC102A	Q96A19	550 aa		32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	GREM2	Q9H772	168 aa		32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		32	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	PSME4	Q14997	1843 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	USP17L3	A6NCW0	530 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	USP17L4	A6NCW7	530 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	SCARF1	Q14162	830 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	G2E3	Q7L622	706 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	USP17L8	P0C7I0	530 aa		31.98	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451		H7C1W4	665 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	SLC4A2	P04920	1241 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	CDCA5	Q96FF9	252 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	MED23	Q9ULK4	1368 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	IL16	Q14005	1332 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	MYH3	P11055	1940 aa		31.95	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		31.95	■■■□□ 2.71
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		31.94	■■■□□ 2.7
PTPRF-216	ENST00000617451	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	31.94	■■■□□ 2.7
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	31.94	■■■□□ 2.7
PTPRF-216	ENST00000617451	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	31.94	■■■□□ 2.7

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