RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	SCN4A	P35499	1836 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		32.53	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	LTBP1	Q14766	1721 aa		32.53	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	32.52	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	32.52	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	MPND	Q8N594	471 aa		32.52	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		32.51	■■■□□ 2.8
NME3-208	ENST00000565379	NIM1K	Q8IY84	436 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	GPC2	Q8N158	579 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	CREBZF	Q9NS37	354 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	HACL1	Q9UJ83	578 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	32.5	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	32.5	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	LDHD	Q86WU2	507 aa		32.5	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	32.5	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		32.5	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	COG6	Q9Y2V7	657 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	PCNT	O95613	3336 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	32.48	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	EPHX2	P34913	555 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	MEIS3	Q99687	375 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	CTSW	P56202	376 aa		32.47	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		32.47	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		32.47	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	SCNN1D	P51172	638 aa		32.46	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	SUCLG2	Q96I99	432 aa		32.45	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	32.45	■■■□□ 2.79
NME3-208	ENST00000565379	GNAI2	P04899	355 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	CSF1R	P07333	972 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	EPS15	P42566	896 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	GPSM2	P81274	684 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		32.44	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	FOXO4	P98177	505 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	CXCL9	Q07325	125 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	RTL9	Q8NET4	1388 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		32.42	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	32.42	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		32.42	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	PASK	Q96RG2	1323 aa		32.42	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	YDJC	A8MPS7	323 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	TMC4	Q7Z404	712 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	KAZALD1	Q96I82	304 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	POLL	Q9UGP5	575 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	RAD17	O75943	681 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	VPS33B	Q9H267	617 aa		32.39	■■■□□ 2.78
NME3-208	ENST00000565379	RIMBP2	O15034	1052 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	AAMP	Q13685	434 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	TNS4	Q8IZW8	715 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	MYH3	P11055	1940 aa		32.37	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	32.36	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	32.36	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	32.36	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	C6orf229	H3BNL8	230 aa		32.35	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	32.35	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		32.35	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	SHTN1	A0MZ66	631 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	GREM2	Q9H772	168 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	MTX1	Q13505	466 aa		32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	WASHC4	Q2M389	1173 aa		32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CRBN	Q96SW2	442 aa		32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		32.33	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	CNTNAP1	P78357	1384 aa		32.32	■■■□□ 2.77
NME3-208	ENST00000565379	ITGA6	P23229	1130 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	DOK7	Q18PE1	504 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	FAM161A	Q3B820	660 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	CNTROB	Q8N137	903 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	32.3	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		32.3	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	SPEF2	Q9C093	1822 aa		32.29	■■■□□ 2.76

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