RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	RTL9	Q8NET4	1388 aa		29.29	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	29.29	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	TSKS	Q9UJT2	592 aa		29.29	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	29.28	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		29.28	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	MYD88	Q99836	296 aa		29.28	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		29.28	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	29.27	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		29.27	■■■□□ 2.28
USP4-208	ENST00000464168	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	29.26	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	29.26	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	29.25	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		29.25	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	29.25	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	CA12	O43570	354 aa		29.24	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	29.24	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	29.24	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	PDE8A	O60658	829 aa		29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	UFL1	O94874	794 aa		29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	HUNK	P57058	714 aa		29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		29.23	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	ZIC5	Q96T25	663 aa		29.22	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	GGA1	Q9UJY5	639 aa		29.22	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	29.21	■■■□□ 2.27
USP4-208	ENST00000464168	NOG	Q13253	232 aa		29.2	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		29.2	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	29.2	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	ADM5	C9JUS6	153 aa		29.19	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	29.19	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		29.19	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	TSPYL6	Q8N831	410 aa		29.19	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168		G3V3G9	751 aa		29.18	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		29.18	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		29.18	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	29.18	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	SCN9A	Q15858	1988 aa		29.18	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		29.17	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	29.16	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	RGMB	Q6NW40	437 aa		29.16	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		29.16	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		29.16	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	29.15	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	29.15	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	KSR2	Q6VAB6	950 aa		29.15	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	GGA3	Q9NZ52	723 aa		29.15	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	XDH	P47989	1333 aa		29.15	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	IGKV5-2	P06315	115 aa		29.14	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	29.14	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		29.14	■■■□□ 2.26
USP4-208	ENST00000464168	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	SULF1	Q8IWU6	871 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	GML	Q99445	158 aa		29.13	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	ZNF609	O15014	1411 aa		29.12	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	29.12	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CTSW	P56202	376 aa		29.12	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	29.12	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	ATP2B4	P23634	1241 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	SCARF1	Q14162	830 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CCDC102A	Q96A19	550 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		29.11	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	29.1	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	29.1	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		29.1	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	FAM161A	Q3B820	660 aa		29.09	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	PODN	Q7Z5L7	613 aa		29.09	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CDCA5	Q96FF9	252 aa		29.09	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	USP17L3	A6NCW0	530 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	USP17L4	A6NCW7	530 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	USP17L8	P0C7I0	530 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	GREM2	Q9H772	168 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		29.08	■■■□□ 2.25
USP4-208	ENST00000464168	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	29.07	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	CCDC184	Q52MB2	194 aa		29.07	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	STK31	Q9BXU1	1019 aa		29.07	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	RGS19	P49795	217 aa		29.06	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		29.06	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	G2E3	Q7L622	706 aa		29.06	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		29.06	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		29.05	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	CCDC27	Q2M243	656 aa		29.05	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168		H7C1W4	665 aa		29.04	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	SLC10A3	P09131	477 aa		29.04	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	DGKZ	Q13574	1117 aa		29.04	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	WWC1	Q8IX03	1113 aa		29.04	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		29.04	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	MED23	Q9ULK4	1368 aa		29.03	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	SLC4A2	P04920	1241 aa		29.03	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24

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