RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474929.1

USP54-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 4

Gene USP54, Length 590 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-211ENST00000474929 KIF18AQ8NI77 898 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 GRK7Q8WTQ7 553 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 GIMAP5Q96F15 307 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 DCLRE1CQ96SD1 692 aaKnown RBP6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 OR11A1Q9GZK7 315 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 NPFFR1Q9GZQ6 430 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 GPR35Q9HC97 309 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 B3GAT2Q9NPZ5 323 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SLC17A7Q9P2U7 560 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CLN8Q9UBY8 286 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 PRDM4Q9UKN5 801 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CHMP2BQ9UQN3 213 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SLC35A3Q9Y2D2 325 aa6.66□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 A0A0U1RQK1 487 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 NPIPB9F8W1W9 429 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 PEX14O75381 377 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SLC22A3O75751 556 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 MFN2O95140 757 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 FSTL3O95633 263 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 AK1P00568 194 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 LHBP01229 141 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SERPINA5P05154 406 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CHRM4P08173 479 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CCDC159P0C7I6 412 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 UBTFL6P0CB48 400 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 UQCRBP14927 111 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 GTF2E2P29084 291 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CRABP2P29373 138 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 HOXD3P31249 432 aaPredicted RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 PITPNBP48739 271 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ANXA11P50995 505 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 POLR2HP52434 150 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 RAB1AP62820 205 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 DGCR2P98153 550 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ZMYND11Q15326 602 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 TBC1D28Q2M2D7 210 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 FAM153CQ494X1 144 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ZNF813Q6ZN06 617 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 LIAT1Q6ZQX7 453 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 DPPA2Q7Z7J5 298 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 LYG1Q8N1E2 194 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 TMEM99Q8N816 258 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 PNLDC1Q8NA58 520 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SLC30A7Q8NEW0 376 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 OR4F6Q8NGB9 312 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CDC26Q8NHZ8 85 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SAMD8Q96LT4 415 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ZNF75AQ96N20 296 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 TSPAN32Q96QS1 320 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ZNF382Q96SR6 550 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 CPNE1Q99829 537 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 ZMAT4Q9H898 229 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 EXOSC3Q9NQT5 275 aaKnown RBP6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 SIRT5Q9NXA8 310 aa6.65□□□□□ -1.34
USP54-211ENST00000474929 TMED7-TICAM2A0A0A6YYA0 188 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 LIPT2A6NK58 231 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 STX16-NPEPL1H3BU86 382 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 STX16O14662 325 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ZSCAN12O43309 604 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 AKR7A3O95154 331 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 PAHP00439 452 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ALDOBP05062 364 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ZNF43P17038 809 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 PAICSP22234 425 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ELK3P41970 407 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 GIPRP48546 466 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 MMP15P51511 669 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CDH13P55290 713 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 RAE1P78406 368 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 TNFAIP6P98066 277 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 GUCA2AQ02747 115 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ZNF718Q3SXZ3 478 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ATP6AP1LQ52LC2 224 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 EXOSC6Q5RKV6 272 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 PDZK1Q5T2W1 519 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 FAM71E1Q6IPT2 247 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 SLC27A4Q6P1M0 643 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CALHM3Q86XJ0 350 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 SLC35F6Q8N357 371 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 FAM76AQ8TAV0 307 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CDS1Q92903 461 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 DNAJA3Q96EY1 480 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 MS4A14Q96JA4 679 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 WDFY2Q96P53 400 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CITED2Q99967 270 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 RHOXF2Q9BQY4 288 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 FAM234AQ9H0X4 552 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 RNF121Q9H920 327 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 TCF7L2Q9NQB0 619 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 FARSBQ9NSD9 589 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 PCTPQ9UKL6 214 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 FAF1Q9UNN5 650 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 MTO1Q9Y2Z2 717 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 TMED7Q9Y3B3 224 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 ADARB2-AS1A8MUL3 147 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CHRM2P08172 466 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 CD28P10747 220 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 MMP9P14780 707 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 SPRP35270 261 aaPredicted RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-211ENST00000474929 UCP2P55851 309 aa6.63□□□□□ -1.35
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