RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 RPH3ALQ9UNE2 315 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CSNK1G3Q9Y6M4 447 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TDRD15B5MCY1 1934 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HPNP05981 417 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HIST2H3PS2Q5TEC6 136 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PODNL1Q6PEZ8 512 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CLECL1Q8IZS7 167 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DCLRE1CQ96SD1 692 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 BARHL1Q9BZE3 327 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 WASH6PQ9NQA3 447 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC5A10A0PJK1 596 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 IMPA1P29218 277 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CSNK1DP48730 415 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 FLI1Q01543 452 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PHYHD1Q5SRE7 291 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF321PQ8N8H1 164 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF300Q96RE9 604 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PGAP2Q9UHJ9 254 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TMEM82A0PJX8 343 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 OR52A4PA6NMU1 304 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PPP3CBP16298 524 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF133P52736 654 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HSF5Q4G112 596 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TFAP2EQ6VUC0 442 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 OR10X1Q8NGY0 326 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 C11orf40Q8WZ69 217 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 KIRREL1Q96J84 757 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZBTB32Q9Y2Y4 487 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF814B7Z6K7 855 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HOXB5P09067 269 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TMEM11P17152 192 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CA5AP35218 305 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SIRPAP78324 504 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF718Q3SXZ3 478 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 MOCOSQ96EN8 888 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HHIPL1Q96JK4 782 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 EXOSC5Q9NQT4 235 aaKnown RBP eCLIP8.67□□□□□ -1.023e-6■■□□□ 13.5
CUX1-201ENST00000292535 MARCH4Q9P2E8 410 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 GOLT1BQ9Y3E0 138 aa8.67□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HSPB6O14558 160 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 FADS1O60427 444 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CHST14Q8NCH0 376 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CPNE4Q96A23 557 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DDX31Q9H8H2 851 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HOXD11P31277 338 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CDKN3Q16667 212 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 NXPE3Q969Y0 559 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC6A17Q9H1V8 727 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 J3QR89 54 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HNRNPFP52597 415 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PLK5Q496M5 336 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 YIF1BQ5BJH7 314 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 RANBP10Q6VN20 620 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 APH1AQ96BI3 265 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 GORASP2Q9H8Y8 452 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC5A2P31639 672 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 EDDM3BP56851 147 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 LCN6P62502 163 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ACSM1Q08AH1 577 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DRAXINQ8NBI3 349 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 GJC3Q8NFK1 279 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZFPM2Q8WW38 1151 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 EDAQ92838 391 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZNF486Q96H40 463 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DCBLD2Q96PD2 775 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PTAFRP25105 342 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC10A2Q12908 348 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 KCTD11Q693B1 232 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 LACC1Q8IV20 430 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 LINC00597Q9H2U6 94 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SAGE1Q9NXZ1 904 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ARHGAP33O14559 1287 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HSD11B1LQ7Z5J1 315 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DTWD1Q8N5C7 304 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HDAC8Q9BY41 377 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZCCHC4Q9H5U6 513 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 RAB22AQ9UL26 194 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 PRKACAP17612 351 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HBMQ6B0K9 141 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 HIST2H3AQ71DI3 136 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC39A11Q8N1S5 342 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 MEIS3P1A6NDR6 274 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 FRMD1Q8N878 549 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TLCD2A6NGC4 264 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 M0QZ24 198 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 APOA2P02652 100 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 BLVRBP30043 206 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 DCTP40126 519 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TMEM31Q5JXX7 168 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TFAP2CQ92754 450 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ARNTLO00327 626 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 BIDP55957 195 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ZXDBP98169 803 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 ALKBH1Q13686 389 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 H2BFWTQ7Z2G1 175 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 SLC22A11Q9NSA0 550 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 CSPG4Q6UVK1 2322 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 OMGP23515 440 aa8.66□□□□□ -1.02
CUX1-201ENST00000292535 TACR1P25103 407 aa8.66□□□□□ -1.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.1 ms