RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000532088.1

COPB1-208, Transcript of coatomer protein complex subunit beta 1, human

TSL 3

Gene COPB1, Length 510 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COPB1-208	ENST00000532088	IST1	P53990	364 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CASP6	P55212	293 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PRPS1	P60891	318 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RPS4X	P62701	263 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SRY	Q05066	204 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	C19orf57	Q0VDD7	668 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	POU4F3	Q15319	338 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TAF11	Q15544	211 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	EIF2S3L	Q2VIR3	472 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	EMC4	Q5J8M3	183 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	C1orf185	Q5T7R7	199 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ABLIM2	Q6H8Q1	611 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RPL13AP3	Q6NVV1	102 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	FAHD1	Q6P587	224 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	H1FNT	Q75WM6	255 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	HIST3H2A	Q7L7L0	130 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CD163	Q86VB7	1156 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	P3H2	Q8IVL5	708 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	AQP11	Q8NBQ7	271 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OR9Q2	Q8NGE9	314 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RNF128	Q8TEB7	428 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	HIST1H2AC	Q93077	130 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ZFP3	Q96NJ6	502 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MOGAT1	Q96PD6	335 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TACO1	Q9BSH4	297 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	C9orf16	Q9BUW7	83 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SF3B5	Q9BWJ5	86 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SRXN1	Q9BYN0	137 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	NDEL1	Q9GZM8	345 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CHST11	Q9NPF2	352 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GLRX2	Q9NS18	164 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OAZ3	Q9UMX2	235 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RASD1	Q9Y272	281 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	HIF3A	Q9Y2N7	669 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	DNAJC13	O75165	2243 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		11.18	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	BOD1L1	Q8NFC6	3051 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ATRX	P46100	2492 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	NPIPB13	A6NJU9	1138 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	NPIPB4	C9JG80	1138 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SMAD9	O15198	467 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CYTIP	O60759	359 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OPN1LW	P04000	364 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	STS	P08842	583 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SAG	P10523	405 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MAK	P20794	623 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GRPR	P30550	384 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TIMP3	P35625	211 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GPR4	P46093	362 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	P2RY4	P51582	365 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SLC16A1	P53985	500 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TLE1	Q04724	770 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SLC34A1	Q06495	639 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PON3	Q15166	354 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	C3AR1	Q16581	482 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OTUD3	Q5T2D3	398 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OR2A2	Q6IF42	318 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ZNF585A	Q6P3V2	769 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RASSF6	Q6ZTQ3	369 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	OAF	Q86UD1	273 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	DOLPP1	Q86YN1	238 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	EPHX4	Q8IUS5	362 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PARP8	Q8N3A8	854 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	C10orf53	Q8N6V4	93 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	MBD3L2	Q8NHZ7	208 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SLC25A36	Q96CQ1	311 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	FAM46A	Q96IP4	442 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ZNF845	Q96IR2	970 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	FEV	Q99581	238 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TM9SF2	Q99805	663 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SEMA6A	Q9H2E6	1030 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	USE1	Q9NZ43	259 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	TNFRSF10D	Q9UBN6	386 aa		11.17	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	UNC119B	A6NIH7	251 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	SLC22A20	A6NK97	555 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088		E9PLN8	166 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PLPP3	O14495	311 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CDC42EP2	O14613	210 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PTP4A3	O75365	173 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	HPR	P00739	348 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	GAST	P01350	101 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CRH	P06850	196 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	UQCRC1	P31930	480 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	CA7	P43166	264 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PPP2R2B	Q00005	443 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PUDP	Q08623	228 aa		11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
COPB1-208	ENST00000532088	PPP1R8	Q12972	351 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62

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