RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470268.1

SF3B1-208, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 2,003 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A0B4J2E0	115 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A1B0GWA3	101 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A1B0GX12	115 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	C9orf118	A6NHY6	69 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268		H3BNH8	94 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MKRN2OS	H3BPM6	223 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	EFNA2	O43921	213 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZIC3	O60481	467 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	EIF4E2	O60573	245 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM127	O75204	238 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SNX4	O95219	450 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SNAP29	O95721	258 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CST1	P01037	141 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	GAA	P10253	952 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	RHCE	P18577	417 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	IL11	P20809	199 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TCEA1	P23193	301 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	RRM2	P31350	389 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MEOX1	P50221	254 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CDH12	P55289	794 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	QPRT	Q15274	297 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SEC23B	Q15437	767 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	OR1Q1	Q15612	314 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	PLPPR5	Q32ZL2	321 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CMPK2	Q5EBM0	449 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	NHSL2	Q5HYW2	709 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	COLEC12	Q5KU26	742 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	PCSK4	Q6UW60	755 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZBTB49	Q6ZSB9	765 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF550	Q7Z398	422 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MISP	Q8IVT2	679 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	NKAIN4	Q8IVV8	208 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	OFCC1	Q8IZS5	231 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CADM2	Q8N3J6	435 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZFP62	Q8NB50	900 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	OR5M1	Q8NGP8	315 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	OR1J4	Q8NGS1	313 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	OR52J3	Q8NH60	311 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	POC1B	Q8TC44	478 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC7A13	Q8TCU3	470 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MAGEE2	Q8TD90	523 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC35B4	Q969S0	331 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	C3orf49	Q96BT1	292 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	PRRC1	Q96M27	445 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	PIP5K1A	Q99755	562 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FAM173A	Q9BQD7	235 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FUZ	Q9BT04	418 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TTTY12	Q9BZ98	90 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF703	Q9H7S9	590 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CACYBP	Q9HB71	228 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF71	Q9NQZ8	489 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ACER3	Q9NUN7	267 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MED17	Q9NVC6	651 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	LUZP4	Q9P127	313 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TES	Q9UGI8	421 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC13A4	Q9UKG4	626 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TESMIN	Q9Y4I5	508 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	LYVE1	Q9Y5Y7	322 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	DSP	P15924	2871 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	PTPRQ	Q9UMZ3	2332 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	EXPH5	Q8NEV8	1989 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A087WUU8	490 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TRAV17	A0A0B4J275	112 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TRBV4-1	A0A0J9YWV2	114 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ANKUB1	A6NFN9	424 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FAM171A2	A8MVW0	826 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FAAH	O00519	579 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CLOCK	O15516	846 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	HNRNPR	O43390	633 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FMO6P	O60774	539 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	GLS	O94925	669 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	NUDT14	O95848	222 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SMIM18	P0DKX4	95 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF23	P17027	643 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FAS	P25445	335 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CTSS	P25774	331 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ELAVL4	P26378	380 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TACR3	P29371	465 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	POLR2I	P36954	125 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC1A3	P43003	542 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MAGEA5	P43359	124 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	HMGA2	P52926	109 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CDH15	P55291	814 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	SUMO3	P55854	103 aa	Predicted RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TAS2R41	P59536	307 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	RPP38	P78345	283 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	EGR4	Q05215	589 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	FOXF1	Q12946	379 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	MED21	Q13503	144 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	CBFB	Q13951	182 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ATP6AP1	Q15904	470 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ZSWIM7	Q19AV6	140 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	NADK2	Q4G0N4	442 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SF3B1-208	ENST00000470268	ALG10B	Q5I7T1	473 aa		4.26	□□□□□ -1.73

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