RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	AIDA	Q96BJ3	306 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	WBP1L	Q9NX94	342 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	32.48	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	32.47	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	32.47	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	CFAP44	Q96MT7	982 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	TMC4	Q7Z404	712 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF428	Q96B54	188 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	32.46	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	32.44	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	HYPK	Q9NX55	129 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	TRAF5	O00463	557 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	CST9	Q5W186	159 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM89A	Q96GI7	184 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	TAF1	P21675	1872 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	RAD17	O75943	681 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	TNIP1	Q15025	636 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	MBIP	Q9NS73	344 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF853	P0CG23	659 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	32.39	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PTPRF-216	ENST00000617451	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	YDJC	A8MPS7	323 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	LBX1	P52954	281 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	32.38	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	CAPNS2	Q96L46	248 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	ECE1	P42892	770 aa		32.36	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	32.35	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	32.35	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	WASHC4	Q2M389	1173 aa		32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	IFT57	Q9NWB7	429 aa		32.33	■■■□□ 2.77
PTPRF-216	ENST00000617451	APAF1	O14727	1248 aa		32.32	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		32.32	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		32.32	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	32.32	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		32.31	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	32.31	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	POLL	Q9UGP5	575 aa		32.31	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	SHTN1	A0MZ66	631 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	GNAI1	P63096	354 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	GPSM2	P81274	684 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	GOLGA2	Q08379	1002 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	COL4A1	P02462	1669 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	C6orf229	H3BNL8	230 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451		H7C1D1	291 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	GRM1	Q13255	1194 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	DPF2	Q92785	391 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	PSMD14	O00487	310 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	RIMBP2	O15034	1052 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	MICALL2	Q8IY33	904 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	32.28	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PTPRF-216	ENST00000617451	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP2K2	P36507	400 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	EYA3	Q99504	573 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	MYD88	Q99836	296 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	ECE2	O60344	883 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	AOC2	O75106	756 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	DOK7	Q18PE1	504 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PTPRF-216	ENST00000617451	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		32.22	■■■□□ 2.75

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