RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 KAZALD1Q96I82 304 aa37.21■■■■□ 3.55
LIMCH1-211ENST00000509638 EPHA10Q5JZY3 1008 aa37.2■■■■□ 3.55
LIMCH1-211ENST00000509638 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP37.2■■■■□ 3.55
LIMCH1-211ENST00000509638 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 FOXO4P98177 505 aa37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 BICC1Q9H694 974 aaKnown RBP37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRFIP2Q9Y608 721 aaKnown RBP37.18■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 NPR1P16066 1061 aa37.17■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC152Q4G0S7 254 aa37.17■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 TTLL11Q8NHH1 800 aa37.17■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 COL4A1P02462 1669 aa37.16■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNA3P22001 575 aa37.16■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 MASTLQ96GX5 879 aa37.16■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 SPEF2Q9C093 1822 aa37.16■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP37.15■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 STYK1Q6J9G0 422 aa37.14■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 HDAC5Q9UQL6 1122 aa37.14■■■■□ 3.54
LIMCH1-211ENST00000509638 GNAI2P04899 355 aa37.13■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM161AQ3B820 660 aa37.13■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 LMBR1LQ6UX01 489 aa37.13■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD44Q8N8A2 993 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CRBNQ96SW2 442 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 GREM2Q9H772 168 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 C1orf115Q9H7X2 142 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 WWC3Q9ULE0 1092 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CHMP3Q9Y3E7 222 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 RTL9Q8NET4 1388 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 SLX4Q8IY92 1834 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CSF1RP07333 972 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP37.12■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP37.11■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP37.09■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 SEC31BQ9NQW1 1179 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 ZBTB40Q9NUA8 1239 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 PIM2Q9P1W9 311 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 ARFGEF1Q9Y6D6 1849 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 CRAMP1Q96RY5 1269 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMCH1-211ENST00000509638 UTRNP46939 3433 aa37.07■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 CNKSR1Q969H4 720 aa37.07■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 ITGA6P23229 1130 aa37.06■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP37.06■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 TTLL6Q8N841 843 aa37.06■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 ALDH1B1P30837 517 aa37.05■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 GRAPQ13588 217 aa37.04■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP37.04■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 CELF1Q92879 486 aaKnown RBP37.04■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP37.03■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP37.03■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRC37AA6NMS7 1700 aa37.03■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 CDC5LQ99459 802 aaKnown RBP37.02■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa37.01■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC57Q2TAC2 916 aa37.01■■■■□ 3.52
LIMCH1-211ENST00000509638 BCS1LQ9Y276 419 aa37■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP37■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 MTX1Q13505 466 aa37■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD18AQ8IVF6 992 aa36.98■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 SRGAP3O43295 1099 aa36.97■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 EXOC6Q8TAG9 804 aa36.97■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 RPS8P62241 208 aaKnown RBP36.96■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 TAF7LQ5H9L4 462 aa36.96■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP85Q6P2H3 762 aa36.96■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC51AQ86UW1 340 aa36.96■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP36.96■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF594Q96JF6 807 aaPredicted RBP36.95■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP36.95■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 A0A1B0GUL6 1792 aa36.95■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 PNMA6EA0A0J9YXQ4 647 aa36.95■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 BBOX1O75936 387 aa36.95■■■■□ 3.51
LIMCH1-211ENST00000509638 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP36.94■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 RFX5P48382 616 aaPredicted RBP36.93■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 C21orf2O43822 256 aa36.92■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 KLHDC4Q8TBB5 520 aa36.92■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 OLFM4Q6UX06 510 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 TMC4Q7Z404 712 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 MPHOSPH8Q99549 860 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 C7orf43Q8WVR3 580 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP8B2P98198 1209 aa36.9■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 LTBP1Q14766 1721 aa36.89■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa36.89■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP36.89■■■■□ 3.5
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPN12Q05209 780 aaKnown RBP36.88■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 POLA2Q14181 598 aa36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 RPAP2Q8IXW5 612 aaPredicted RBP36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SSH3Q8TE77 659 aa36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 GPR162Q16538 588 aa36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 PA2G4Q9UQ80 394 aaKnown RBP36.87■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SNED1Q8TER0 1413 aa36.86■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 AAMPQ13685 434 aa36.86■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SP8Q8IXZ3 490 aa36.86■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SIRT2Q8IXJ6 389 aa36.85■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 SIL1Q9H173 461 aa36.85■■■■□ 3.49
LIMCH1-211ENST00000509638 CNNM1Q9NRU3 951 aa36.85■■■■□ 3.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.4 ms