RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	EXOSC2	Q13868	293 aa	Known RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	KIR2DS3	Q14952	304 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PCGF3	Q3KNV8	242 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ALG10B	Q5I7T1	473 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	MANEA	Q5SRI9	462 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF776	Q68DI1	518 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ACSM5	Q6NUN0	579 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SLC48A1	Q6P1K1	146 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	NUP54	Q7Z3B4	507 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PXK	Q7Z7A4	578 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC71	Q8IV32	467 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PXT1	Q8NFP0	134 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SYNPR	Q8TBG9	265 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CYB5D2	Q8WUJ1	264 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	NUDT8	Q8WV74	236 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PRR14	Q9BWN1	585 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DPH1	Q9BZG8	443 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	TMEM185B	Q9H7F4	350 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	TREM1	Q9NP99	234 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	MAN2C1	Q9NTJ4	1040 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	POMT2	Q9UKY4	750 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SH2B3	Q9UQQ2	575 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ENTPD2	Q9Y5L3	495 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		A0A0A6YYH2	397 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		A0A0G2JN53	185 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		A6NJ64	397 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	AIP	O00170	330 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GMDS	O60547	372 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	OR2F2	O95006	317 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	APBB3	O95704	486 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CD1A	P06126	327 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SBK2	P0C263	348 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	RRAS	P10301	218 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CTSA	P10619	480 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	HOXB9	P17482	250 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SHC1	P29353	583 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	S100G	P29377	79 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	MC3R	P41968	323 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SLC6A8	P48029	635 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CCL23	P55773	120 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GPLD1	P80108	840 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	S100A12	P80511	92 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	FOXK2	Q01167	660 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DUSP8	Q13202	625 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	OR2F1	Q13607	317 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	HTR4	Q13639	388 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	OR1Q1	Q15612	314 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGAP11B	Q3KRB8	267 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ITPRIPL2	Q3MIP1	535 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		Q499Y3	187 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ACTBL2	Q562R1	376 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	IER5L	Q5T953	404 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	RTL6	Q6ICC9	239 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	FBXO42	Q6P3S6	717 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	TSSK4	Q6SA08	328 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	APOOL	Q6UXV4	268 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DPY19L2P2	Q6ZN68	376 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF627	Q7L945	461 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	NLGN4X	Q8N0W4	816 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GTPBP8	Q8N3Z3	284 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	LNX2	Q8N448	690 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	C9orf62	Q8N4C0	152 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	RNF175	Q8N4F7	328 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PNLDC1	Q8NA58	520 aa	Known RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	OR5AR1	Q8NGP9	310 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	BCL7C	Q8WUZ0	217 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GHSR	Q92847	366 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	BMF	Q96LC9	184 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DGAT2	Q96PD7	388 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	HHIP	Q96QV1	700 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	KCNJ15	Q99712	375 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ABCG4	Q9H172	646 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	SLC38A1	Q9H2H9	487 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	MIXL1	Q9H2W2	232 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	UCK1	Q9HA47	277 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DUSP22	Q9NRW4	184 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PLSCR3	Q9NRY6	295 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	ELF5	Q9UKW6	265 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DHDH	Q9UQ10	334 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	CACNA1E	Q15878	2313 aa		3.29	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	DNAH14	Q0VDD8	3507 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	FEZF1	A0PJY2	475 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	RAB19	A4D1S5	217 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		A6NL46	340 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	LEUTX	A8MZ59	168 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	C2orf74	A8MZ97	194 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790		D6RAR5	112 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	GOSR2	O14653	212 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	IMPA2	O14732	288 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	RDH16	O75452	317 aa		3.28	□□□□□ -1.88
VMP1-216	ENST00000592790	PAPLN	O95428	1278 aa		3.28	□□□□□ -1.88

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.5 ms