RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474643.5

VARS-223, Transcript of valyl-tRNA synthetase, human

TSL 5

Gene VARS, Length 885 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VARS-223	ENST00000474643	ZNF474	Q6S9Z5	364 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	HMGN2P46	Q86SG4	172 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	GGN	Q86UU5	652 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	TOR1AIP2	Q8NFQ8	470 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	OR6K3	Q8NGY3	331 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PIGT	Q969N2	578 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	TRNT1	Q96Q11	434 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CCL19	Q99731	98 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	GLRX2	Q9NS18	164 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	THUMPD1	Q9NXG2	353 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CALML5	Q9NZT1	146 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	HEATR5A	Q86XA9	2040 aa		13.55	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	C5orf58	C9J3I9	102 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	EIF4E2	O60573	245 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	UGT2B17	O75795	530 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	BCHE	P06276	602 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CRYGS	P22914	178 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PRDX6	P30041	224 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SLC7A1	P30825	629 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PCYT1A	P49585	367 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CARD18	P57730	90 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	NKX6-1	P78426	367 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	FUT5	Q11128	374 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	GNA13	Q14344	377 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	ZNF141	Q15928	474 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	NDUFAF6	Q330K2	333 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	MMEL1	Q495T6	779 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	TMEM201	Q5SNT2	666 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	LRRC74B	Q6ZQY2	392 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	EIF3M	Q7L2H7	374 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	DHDDS	Q86SQ9	333 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	MTDH	Q86UE4	582 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	LILRA2	Q8N149	483 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	ATP6V1C2	Q8NEY4	427 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	KLHL15	Q96M94	604 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	C12orf49	Q9H741	205 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	ST6GALNAC1	Q9NSC7	600 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CORO2B	Q9UQ03	480 aa		13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	C7orf72	A4D263	438 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	BBIP1	A8MTZ0	92 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	NPPA	P01160	153 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CHRM4	P08173	479 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	UBTFL6	P0CB48	400 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	FOSL1	P15407	271 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PPP3CB	P16298	524 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	IL7R	P16871	459 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CD53	P19397	219 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CRISP3	P54108	245 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SUMO3	P55854	103 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	FOXF1	Q12946	379 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	FADD	Q13158	208 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CBFB	Q13951	182 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	NFYC	Q13952	458 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	RGN	Q15493	299 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	LRIF1	Q5T3J3	769 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SHE	Q5VZ18	495 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CBLN3	Q6UW01	205 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	BEND4	Q6ZU67	534 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	OSTF1	Q92882	214 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CMTM5	Q96DZ9	223 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	QRSL1	Q9H0R6	528 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	MTHFD2L	Q9H903	347 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SLC52A3	Q9NQ40	469 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SLAMF8	Q9P0V8	285 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	SLC35A3	Q9Y2D2	325 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CAPN7	Q9Y6W3	813 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	VPS13C	Q709C8	3753 aa		13.53	□□□□□ -0.24
VARS-223	ENST00000474643	CENPVL1	A0A0U1RR11	272 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	PRAMEF27	A3QJZ7	478 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	OIP5	O43482	229 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	SS18L1	O75177	396 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	GUSB	P08236	651 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	ELK4	P28324	431 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	CCKAR	P32238	428 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	SLC6A8	P48029	635 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	KLF10	Q13118	480 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	MAPK14	Q16539	360 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	C20orf204	Q6ZNR8	217 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	WFDC8	Q8IUA0	241 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	OR5W2	Q8NH69	310 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	ZNF563	Q8TA94	476 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	OIT3	Q8WWZ8	545 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	CPNE4	Q96A23	557 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	TMEM19	Q96HH6	336 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	TACO1	Q9BSH4	297 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	THUMPD3	Q9BV44	507 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	CCDC106	Q9BWC9	280 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	LAT2	Q9GZY6	243 aa		13.52	□□□□□ -0.25
VARS-223	ENST00000474643	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		13.52	□□□□□ -0.25

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