RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	C1GALT1C1	Q96EU7	318 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SFXN3	Q9BWM7	321 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	NMUR2	Q9GZQ4	415 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	S100A14	Q9HCY8	104 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SERINC1	Q9NRX5	453 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GIMAP2	Q9UG22	337 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	RSL24D1	Q9UHA3	163 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MCTS1	Q9ULC4	181 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SLC6A5	Q9Y345	797 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ZNF175	Q9Y473	711 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SPIN1	Q9Y657	262 aa	Predicted RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SPTAN1	Q13813	2472 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GIMAP1-GIMAP5	A0A087WTJ2	511 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SDHD	O14521	159 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	RFXANK	O14593	260 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ADAM10	O14672	748 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	HCRTR2	O43614	444 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	EIF4E2	O60573	245 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GOSR1	O95249	250 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SYNGR4	O95473	234 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	OXSR1	O95747	527 aa	Predicted RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ACP2	P11117	423 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CAPN3	P20807	821 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	PPIB	P23284	216 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CTSS	P25774	331 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ELK4	P28324	431 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ADH6	P28332	368 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	EPHA3	P29320	983 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ARRB2	P32121	409 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	PTGDS	P41222	190 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K8	P41279	467 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	BCAP31	P51572	246 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SRY	Q05066	204 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	APOF	Q13790	326 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CBFB	Q13951	182 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GRAMD1B	Q3KR37	738 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	FNDC7	Q5VTL7	733 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	EIF3M	Q7L2H7	374 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MARCH3	Q86UD3	253 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MCEMP1	Q8IX19	187 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ZNF614	Q8N883	585 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	FBXO30	Q8TB52	745 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	FAM110B	Q8TC76	370 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CDS1	Q92903	461 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	NTNG2	Q96CW9	530 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GIMAP5	Q96F15	307 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	WDYHV1	Q96HA8	205 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CCDC115	Q96NT0	180 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	OR7D2	Q96RA2	312 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SLC35A5	Q9BS91	424 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CXorf36	Q9H7Y0	433 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	TCF7L2	Q9NQB0	619 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SIRT3	Q9NTG7	399 aa	Predicted RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CORO2B	Q9UQ03	480 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SLC35A3	Q9Y2D2	325 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	DTNA	Q9Y4J8	743 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	DIDO1	Q9BTC0	2240 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CROCC	Q5TZA2	2017 aa		7.86	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GXYLT2	A0PJZ3	443 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	FUOM	A2VDF0	154 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	C7orf72	A4D263	438 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CCDC154	A6NI56	674 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SLC22A20	A6NK97	555 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	BOLA2-SMG1P6	H3BVE0	249 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	PLG	P00747	810 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	C8B	P07358	591 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	TMIGD3	P0DMS9	266 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	UBL4A	P11441	157 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SLC6A8	P48029	635 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CPA2	P48052	419 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ZNF829	Q3KNS6	432 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ARHGAP11B	Q3KRB8	267 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	EMC4	Q5J8M3	183 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	SPANXN4	Q5MJ08	99 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	OR5M10	Q6IEU7	315 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	C16orf87	Q6PH81	154 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ZNF621	Q6ZSS3	439 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CMIP	Q8IY22	773 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	TMCO5A	Q8N6Q1	288 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MINDY2	Q8NBR6	621 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MBD3L2	Q8NHZ7	208 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GIPC3	Q8TF64	312 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	CHPT1	Q8WUD6	406 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	STON2	Q8WXE9	905 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	NEURL3	Q96EH8	262 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GLRX2	Q9NS18	164 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	MED11	Q9P086	117 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	C6orf203	Q9P0P8	240 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	KCNN3	Q9UGI6	736 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	FBXL2	Q9UKC9	423 aa		7.85	□□□□□ -1.15
USP3-208	ENST00000558285	RPH3A	Q9Y2J0	694 aa	Predicted RBP	7.85	□□□□□ -1.15

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