RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF534Q76KX8 674 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 METTL25Q8N6Q8 603 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 MYH3P11055 1940 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 GCAP28676 217 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 PRAMEF20Q5VT98 475 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 MYADMQ96S97 322 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 APMAPQ9HDC9 416 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 AGPAT4Q9NRZ5 378 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 DVL2O14641 736 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 MYOGP15173 224 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 ADRA1AP35348 466 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 PLCXD3Q63HM9 321 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC28AQ8IWP9 274 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 OR5K2Q8NHB8 316 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 ARRDC3Q96B67 414 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 TIMM29Q9BSF4 260 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 BTBD2Q9BX70 525 aa16.08■□□□□ 0.17
PTPRF-209ENST00000438120 BCAT2O15382 392 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SERPINA2P20848 420 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR7E24Q6IFN5 339 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ENKD1Q9H0I2 346 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 H7C1C5 153 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 HPGDSO60760 199 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 EDN3P14138 238 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 C21orf33P30042 268 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MAGEA6P43360 314 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 VASPP50552 380 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 LCN6P62502 163 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MEGF11A6BM72 1044 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 GPR75O95800 540 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 UGT2B7P16662 529 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CDK2P24941 298 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CSNK1DP48730 415 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR2T35Q8NGX2 323 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 PHOSPHO2Q8TCD6 241 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CPT1CQ8TCG5 803 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ACOT11Q8WXI4 607 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CNOT9Q92600 299 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 TBC1D20Q96BZ9 403 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 DHRS4Q9BTZ2 278 aa16.08■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MYH1P12882 1939 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 PRDX1Q06830 199 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF322Q6U7Q0 402 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CD163Q86VB7 1156 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF417Q8TAU3 575 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 RSC1A1Q92681 617 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR10A5Q9H207 317 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR10A2Q9H208 303 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 WDR37Q9Y2I8 494 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MYH10P35580 1976 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ARPC1BO15143 372 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 DOK2O60496 412 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 GK3PQ14409 553 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 FAM83FQ8NEG4 500 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR1S1Q8NH92 325 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR5B12Q96R08 314 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 DUSP23Q9BVJ7 150 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR2B2Q9GZK3 357 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MED20Q9H944 212 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SCRG1O75711 98 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 NCR1O76036 304 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ABOP16442 354 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MELKQ14680 651 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 MRPL2Q5T653 305 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM53Q6P2H8 277 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SPARTQ8N0X7 666 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SDSLQ96GA7 329 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SULT4A1Q9BR01 284 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 C20orf27Q9GZN8 174 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 HAO2Q9NYQ3 351 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 KLHL13Q9P2N7 655 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF337Q9Y3M9 751 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC163A0A0D9SF12 145 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 H3BNC9 293 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SNAPC5O75971 98 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 LUMP51884 338 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SMN1Q16637 294 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 GARNL3Q5VVW2 1013 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 OR13C2Q8NGS9 318 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 PIGCQ92535 297 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 PRSS16Q9NQE7 514 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 TFP02787 698 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 TACR1P25103 407 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 HLA-DMAP28067 261 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 LSAMPQ13449 338 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ALKAL1Q6UXT8 129 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 B3GLCTQ6Y288 498 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM64Q6YI46 380 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 B3GNT8Q7Z7M8 397 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CNTN4Q8IWV2 1026 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CMTM1Q8IZ96 169 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 GTF2H4Q92759 462 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF845Q96IR2 970 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SSX3Q99909 188 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 PRDM9Q9NQV7 894 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CACNG2Q9Y698 323 aa16.07■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF736B4DX44 427 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SHOXO15266 292 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 SC5DO75845 299 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRF-209ENST00000438120 CPOXP36551 454 aa16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 56.9 ms