RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	C7orf26	Q96N11	449 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC115	Q96NT0	180 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	OR52E6	Q96RD3	313 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	SDF2	Q99470	211 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	NPAS1	Q99742	590 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	TRIM8	Q9BZR9	551 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	OR51I1	Q9H343	314 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	BTNL2	Q9UIR0	455 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	POLQ	O75417	2590 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	LRBA	P50851	2863 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	ABCA4	P78363	2273 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PNKP-223	ENST00000629179	DUXA	A6NLW8	204 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	HMGB1P1	B2RPK0	211 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179		H0YC42	278 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179		H3BML4	177 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	UBD	O15205	165 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	OIP5	O43482	229 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SASH3	O75995	380 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PGR	P06401	933 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	OR12D1	P0DN82	309 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	IDO1	P14902	403 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	IGFBP2	P18065	325 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SUCLG1	P53597	346 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ATP12A	P54707	1039 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CLDN15	P56746	228 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PPP2R2A	P63151	447 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	BCL2A1	Q16548	175 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GLYR1	Q49A26	553 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	FLYWCH1	Q4VC44	716 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PDCD4	Q53EL6	469 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	KLHL26	Q53HC5	615 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	DDX59	Q5T1V6	619 aa	Known RBP eCLIP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SAXO2	Q658L1	398 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TNFAIP8L2	Q6P589	184 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	EPGN	Q6UW88	154 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PHOSPHO1	Q8TCT1	267 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	MIPOL1	Q8TD10	442 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	XAGE5	Q8WWM1	108 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	RAB8B	Q92930	207 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZBTB18	Q99592	522 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TREX2	Q9BQ50	279 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PIGQ	Q9BRB3	760 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SLC35A5	Q9BS91	424 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	INPP5K	Q9BT40	448 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	HOXD1	Q9GZZ0	328 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC154	A6NI56	674 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	DVL2	O14641	736 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SEC14L5	O43304	696 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	HCRTR2	O43614	444 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	FCMR	O60667	390 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SLC22A3	O75751	556 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GSN	P06396	782 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CTSS	P25774	331 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CHI3L1	P36222	383 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CDKN2C	P42773	168 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	DLX5	P56178	289 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CLDN20	P56880	219 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF117	Q03924	483 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	FOXF2	Q12947	444 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GPR68	Q15743	365 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GSTA3	Q16772	222 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFAF6	Q330K2	333 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ARHGAP11B	Q3KRB8	267 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CHMP1B	Q7LBR1	199 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	MISP	Q8IVT2	679 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF614	Q8N883	585 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF527	Q8NB42	609 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	B4GALNT2	Q8NHY0	566 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	DYDC1	Q8WWB3	177 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SMPDL3B	Q92485	455 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	WNT2B	Q93097	391 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	NEURL3	Q96EH8	262 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PANX1	Q96RD7	426 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	UCN2	Q96RP3	112 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	HHATL	Q9HCP6	504 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	INTS9	Q9NV88	658 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	MED17	Q9NVC6	651 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	CLCF1	Q9UBD9	225 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	MKLN1	Q9UL63	735 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179		A0A087WZY1	265 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	LINC01387	J3KSC0	135 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	GTPBP1	O00178	669 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF21	O75509	655 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	STX11	O75558	287 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	RCBTB2	O95199	551 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TGM6	O95932	706 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	AK1	P00568	194 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	OPN1LW	P04000	364 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	TMIGD3	P0DMS9	266 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF41	P51814	821 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	SNTB1	Q13884	538 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PNKP-223	ENST00000629179	PLPPR5	Q32ZL2	321 aa		12.81	□□□□□ -0.36

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