RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 PINK1Q9BXM7 581 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 KIR2DP1A0A0G2JNF4 349 aaPredicted RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 GRXCR2A6NFK2 248 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PRKYO43930 277 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 SSTR4P31391 388 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 OR9K2Q8NGE7 335 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF480Q8WV37 535 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CPNE7Q9UBL6 633 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 HCFC2Q9Y5Z7 792 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 MSANTD3-TMEFF1A0A0A6YYJ0 341 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 LRRTM2O43300 516 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ADAMTS4O75173 837 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 DNAJB5O75953 348 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 BMP2P12643 396 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 EEF1A1P68104 462 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CDK5R2Q13319 367 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PCGF3Q3KNV8 242 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF300Q96RE9 604 aaPredicted RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM246Q9BRR3 403 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 NELFAQ9H3P2 528 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TREX1Q9NSU2 369 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 B4GAT1O43505 415 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PCGF2P35227 344 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 KIR2DS3Q14952 304 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 SLC15A4Q8N697 577 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 MS4A4AQ96JQ5 239 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 FAM230AA0A1W2PPH8 454 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 EPHA4P54764 986 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 GSG1LQ6UXU4 331 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 OR9A4Q8NGU2 314 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 SPTSSAQ969W0 71 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RGCCQ9H4X1 137 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ACOT13Q9NPJ3 140 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 LRIT1Q9P2V4 623 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 C1orf105O95561 183 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 DPY19L4Q7Z388 723 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CDCA3Q99618 268 aaPredicted RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RHBDD3Q9Y3P4 386 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RAC2P15153 192 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 OR1D4P47884 311 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CXCL12P48061 93 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 MAT1AQ00266 395 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TAP2Q03519 686 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ITFG2Q969R8 447 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 THSD1Q9NS62 852 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ARHGEF15O94989 841 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 C1SP09871 688 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 GDF1P27539 372 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 NFATC3Q12968 1075 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 C9orf135Q5VTT2 229 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TRBV11-1A0A0K0K1C0 115 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RETP07949 1114 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RRNAD1Q96FB5 475 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CDC6Q99741 560 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PPIL3Q9H2H8 161 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM181Q9P2C4 612 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 MYH13Q9UKX3 1938 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 A6NIN4 97 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 WNT4P56705 351 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CPXM2Q8N436 756 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ASCC1Q8N9N2 400 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 GOLM1Q8NBJ4 401 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 NANOS1Q8WY41 292 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TANKQ92844 425 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ANKRD28O15084 1053 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 BMP4P12644 408 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RPS5P46782 204 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 SPRED3Q2MJR0 410 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 MRPL21Q7Z2W9 205 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 EMCNQ9ULC0 261 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 B3GNT3Q9Y2A9 372 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 FAM183AA6NL82 134 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 J3KTA2 159 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 LILRB3O75022 631 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ETV5P41161 510 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ZP2Q05996 745 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 FAM78AQ5JUQ0 283 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ACTR6Q9GZN1 396 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CXCL16Q9H2A7 254 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 DDX31Q9H8H2 851 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RDH14Q9HBH5 336 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PLEK2Q9NYT0 353 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 APLNRP35414 380 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 EFR3AQ14156 821 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 CPZQ66K79 652 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 COMTD1Q86VU5 262 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ISG20Q96AZ6 181 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 NUDT22Q9BRQ3 303 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF13Q9NV06 445 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 HOXD9P28356 352 aaPredicted RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 P2RY14Q15391 338 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 ANKRD13BQ86YJ7 626 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PAPD5Q8NDF8 572 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 TSNAXQ99598 290 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 LSM5Q9Y4Y9 91 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 AQP2P41181 271 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 RGS6P49758 472 aa16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 PIWIL3Q7Z3Z3 882 aaKnown RBP16.15■□□□□ 0.18
PTPRF-209ENST00000438120 B3GNT7Q8NFL0 401 aa16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.2 ms