RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	SENP5	Q96HI0	755 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR7D2	Q96RA2	312 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GAL3ST4	Q96RP7	486 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SERHL2	Q9H4I8	314 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM38A	Q9H6F2	299 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FOLH1B	Q9HBA9	442 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607		Q9N2J8	555 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	A4GALT	Q9NPC4	353 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	EXD2	Q9NVH0	621 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	EGFL7	Q9UHF1	273 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RRP15	Q9Y3B9	282 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHGB3	Q9Y5G1	929 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HRH3	Q9Y5N1	445 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	AKAP6	Q13023	2319 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607		E9PLN8	166 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HRK	O00198	91 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HMGN4	O00479	90 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFRSF21	O75509	655 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC25A12	O75746	678 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	AK1	P00568	194 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C1QC	P02747	245 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NUDT7	P0C024	238 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR12D1	P0DN82	309 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ACP2	P11117	423 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ABO	P16442	354 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GGT1	P19440	569 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SOX18	P35713	384 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CRISP3	P54108	245 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC37A1	P57057	533 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TLE4	Q04727	773 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DMTN	Q08495	405 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TRAP1	Q12931	704 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DUSP8	Q13202	625 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TRIM25	Q14258	630 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LRRC23	Q53EV4	343 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SPNS3	Q6ZMD2	512 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CDH24	Q86UP0	819 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DHFR2	Q86XF0	187 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PTOV1	Q86YD1	416 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC44A2	Q8IWA5	706 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C10orf111	Q8N326	155 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MARVELD2	Q8N4S9	558 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HIPK4	Q8NE63	616 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NFAM1	Q8NET5	270 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C16orf52	Q8NHV5	167 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NFKBID	Q8NI38	313 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF721	Q8TF20	911 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	XAGE5	Q8WWM1	108 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RAB8B	Q92930	207 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM162A	Q96A26	154 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RSRC1	Q96IZ7	334 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	VSTM2L	Q96N03	204 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF583	Q96ND8	569 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	STAC	Q99469	402 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ITPA	Q9BY32	194 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TRIM45	Q9H8W5	580 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CACYBP	Q9HB71	228 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MCCC2	Q9HCC0	563 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DUSP22	Q9NRW4	184 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	USP22	Q9UPT9	525 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	POMP	Q9Y244	141 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR10H1	Q9Y4A9	318 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NIN	Q8N4C6	2090 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TRBV11-1	A0A0K0K1C0	115 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CXCR6	O00574	342 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PDE9A	O76083	593 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SOX30	O94993	753 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CLPS	P04118	112 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	IGKV3-11	P04433	115 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NR2F1	P10589	423 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF24	P17028	368 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP6V1B2	P21281	511 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	S1PR1	P21453	382 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MSX2	P35548	267 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EMD	P50402	254 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GZMM	P51124	257 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NR0B1	P51843	470 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CORO7	P57737	925 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MLF1	P58340	268 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	POU6F2	P78424	691 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CDK6	Q00534	326 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EBP	Q15125	230 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NNAT	Q16517	81 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DUSP5	Q16690	384 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GPAT3	Q53EU6	434 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MTX3	Q5HYI7	312 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LCN8	Q6JVE9	175 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF615	Q8N8J6	731 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM98A	Q8NCA5	519 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SIMC1	Q8NDZ2	872 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	BHLHE22	Q8NFJ8	381 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	BBS10	Q8TAM1	723 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR151	Q8TDV0	419 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CDS1	Q92903	461 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MAL2	Q969L2	176 aa		11.14	□□□□□ -0.63

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