RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	PNPLA5	Q7Z6Z6	429 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DOLPP1	Q86YN1	238 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MICU2	Q8IYU8	434 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LGI4	Q8N135	537 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CDRT4	Q8N9R6	151 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C11orf65	Q8NCR3	313 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR7G1	Q8NGA0	311 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC2A12	Q8TD20	617 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ELP5	Q8TE02	316 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	UTP4	Q969X6	686 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CTHRC1	Q96CG8	243 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ASB9	Q96DX5	294 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ACTRT3	Q9BYD9	372 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR51I1	Q9H343	314 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PIF1	Q9H611	641 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ANKRA2	Q9H9E1	313 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NTM	Q9P121	344 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	P2RX2	Q9UBL9	471 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PRODH2	Q9UF12	536 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC7A8	Q9UHI5	535 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MAGEL2	Q9UJ55	1249 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ANGPT4	Q9Y264	503 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CFL2	Q9Y281	166 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SNX13	Q9Y5W8	968 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ELOVL7	A1L3X0	281 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C5orf58	C9J3I9	102 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PSMG1	O95456	288 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	AGR2	O95994	175 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ALOX5	P09917	674 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CD46	P15529	392 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MATN1	P21941	496 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SSTR4	P31391	388 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PCGF2	P35227	344 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CASP9	P55211	416 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RBBP4	Q09028	425 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FUT7	Q11130	342 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FLOT2	Q14254	428 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC25A25	Q6KCM7	469 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC73	Q6P1J9	531 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C3P1	Q6ZMU1	363 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NET1	Q7Z628	596 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC30A8	Q8IWU4	369 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HORMAD2	Q8N7B1	307 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM178A	Q8NBL3	297 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MORN4	Q8NDC4	146 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MIPOL1	Q8TD10	442 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAMTS15	Q8TE58	950 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PHF10	Q8WUB8	498 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PTPMT1	Q8WUK0	201 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC9A6	Q92581	669 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C14orf79	Q96F83	325 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LRGUK	Q96M69	825 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TREX2	Q9BQ50	279 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ENKD1	Q9H0I2	346 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR10A5	Q9H207	317 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CDCP1	Q9H5V8	836 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	LRFN1	Q9P244	771 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CD300A	Q9UGN4	299 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF639	Q9UID6	485 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GIMAP1-GIMAP5	A0A087WTJ2	511 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	TTC36	A6NLP5	189 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	DUXA	A6NLW8	204 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR6C76	A6NM76	312 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ARPC2	O15144	300 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NME2P1	O60361	137 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	BCHE	P06276	602 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ARAF	P10398	606 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	BMP2	P12643	396 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	NME2	P22392	152 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MVD	P53602	400 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OC90	Q02509	493 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	MGAT2	Q10469	447 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SCARB2	Q14108	478 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GNA13	Q14344	377 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	VMAC	Q2NL98	169 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	INTS11	Q5TA45	600 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	HLA-DQA1	Q5Y7H0	255 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	PGM2L1	Q6PCE3	622 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZCCHC12	Q6PEW1	402 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC29A4	Q7RTT9	530 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	C16orf62	Q7Z3J2	963 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS19BP1	Q86WX3	136 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	CALHM3	Q86XJ0	350 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	ZZZ3	Q8IYH5	903 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GHDC	Q8N2G8	530 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC5A8	Q8N695	610 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	COX18	Q8N8Q8	333 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM13C	Q8NE31	585 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	B3GNT7	Q8NFL0	401 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OR5D16	Q8NGK9	328 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	FIG4	Q92562	907 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	GIMAP5	Q96F15	307 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-208	ENST00000437607	VMP1	Q96GC9	406 aa		11.16	□□□□□ -0.62

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