RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	HOXD4	P09016	255 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PTPN6	P29350	595 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PSMD4	P55036	377 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	KIAA0040	Q15053	153 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CHI3L2	Q15782	390 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PRSS53	Q2L4Q9	553 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	VPS26B	Q4G0F5	336 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	XKR7	Q5GH72	579 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	WIPI1	Q5MNZ9	446 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	DESI1	Q6ICB0	168 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	LRIG3	Q6UXM1	1119 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF551	Q7Z340	670 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CCDC71	Q8IV32	467 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MCEMP1	Q8IX19	187 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PM20D2	Q8IYS1	436 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	OR2L13	Q8N349	312 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	OR14L1P	Q8NHC6	308 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ZBTB9	Q96C00	473 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TUBGCP3	Q96CW5	907 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ELP4	Q96EB1	424 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ZIM3	Q96PE6	472 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MS4A4E	Q96PG1	132 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TTYH2	Q9BSA4	534 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	UBQLN3	Q9H347	655 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNK9	Q9NPC2	374 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PPP4R1L	Q9P1A2	415 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	GIMAP2	Q9UG22	337 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	BAIAP2L1	Q9UHR4	511 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CBLC	Q9ULV8	474 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	EXO1	Q9UQ84	846 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CAMK2A	Q9UQM7	478 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC6A5	Q9Y345	797 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM215A	Q9Y5M1	114 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	HRH3	Q9Y5N1	445 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ITPR2	Q14571	2701 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TEX15	Q9BXT5	2789 aa		11.77	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	NKX2-6	A6NCS4	301 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	C2orf72	A6NCS6	295 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TTC36	A6NLP5	189 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	SCAMP2	O15127	329 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	BIRC5	O15392	142 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	SCO2	O43819	266 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TSPAN2	O60636	221 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	LYPLA1	O75608	230 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNH1	O95259	989 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	IFI6	P09912	130 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	GLI4	P10075	376 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	BCKDHA	P12694	445 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ETV4	P43268	484 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PNLIPRP2	P54317	469 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PRR5	P85299	388 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CRYZ	Q08257	329 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MAD2L1	Q13257	205 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PDE7A	Q13946	482 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PDCD2	Q16342	344 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CYP27C1	Q4G0S4	372 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	EIPR1	Q53HC9	387 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	FNDC7	Q5VTL7	733 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	YRDC	Q86U90	279 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	IFNE	Q86WN2	208 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ULK2	Q8IYT8	1036 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM83F	Q8NEG4	500 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	OR4K17	Q8NGC6	315 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	OR4N2	Q8NGD1	307 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	FBXO30	Q8TB52	745 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MTERF3	Q96E29	417 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PAIP2	Q9BPZ3	127 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNJ16	Q9NPI9	418 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ATAD3A	Q9NVI7	634 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ABCG2	Q9UNQ0	655 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PCDHGB3	Q9Y5G1	929 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	INTS1	Q8N201	2190 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	C19orf84	I3L1E1	186 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TBX19	O60806	448 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CBR3	O75828	277 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PSMG1	O95456	288 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PRPS2	P11908	318 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	CYP4B1	P13584	511 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	TCEA1	P23193	301 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	GRK2	P25098	689 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ARRB2	P32121	409 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	EVI2B	P34910	448 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PTGDS	P41222	190 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ZFP36L2	P47974	494 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PRKAG1	P54619	331 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ABCE1	P61221	599 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PSG6	Q00889	435 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	STX5	Q13190	355 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	PTGR1	Q14914	329 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	UGT3A2	Q3SY77	523 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	SPDYE7P	Q495Y7	208 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ACSF3	Q4G176	576 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF385B	Q569K4	471 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CHMP3-208	ENST00000486404	EXOC3L1	Q86VI1	746 aa		11.75	□□□□□ -0.53

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