RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-255ENST00000637100 SYCE1LA8MT33 242 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 PPM1BO75688 479 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 TRAPPC6AO75865 159 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 RCBTB2O95199 551 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 GPX3P22352 226 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 NRG3P56975 720 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 LTBQ06643 244 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 NAB1Q13506 487 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 KEAP1Q14145 624 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 ACAP2Q15057 778 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 WIPI1Q5MNZ9 446 aaPredicted RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 SLC30A6Q6NXT4 461 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 CYP20A1Q6UW02 462 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 NUP54Q7Z3B4 507 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 FAM83FQ8NEG4 500 aaPredicted RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 TRPC4APQ8TEL6 797 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 CTHRC1Q96CG8 243 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 TRIB1Q96RU8 372 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 SFXN3Q9BWM7 321 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 OR2B2Q9GZK3 357 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 NXF5Q9H1B4 397 aaKnown RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 KCNF1Q9H3M0 494 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 ACTR8Q9H981 624 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 CAMK2AQ9UQM7 478 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 RNF11Q9Y3C5 154 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 SNPHO15079 494 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 DRD2P14416 443 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 GFRA1P56159 465 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 DCAF7P61962 342 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 PHEXP78562 749 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 FOXF2Q12947 444 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 PRICKLE4Q2TBC4 344 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 C10orf62Q5T681 223 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 SHEQ5VZ18 495 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 HLA-DQA1Q5Y7H0 255 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 WDSUB1Q8N9V3 476 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 OR4K14Q8NGD5 310 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 OR1J4Q8NGS1 313 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 RNF138Q8WVD3 245 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 WNT2BQ93097 391 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 SERPINI1Q99574 410 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 IPPKQ9H8X2 491 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 NEUROD4Q9HD90 331 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 CLCF1Q9UBD9 225 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 EXO1Q9UQ84 846 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 DTX4Q9Y2E6 619 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 MRPS18CQ9Y3D5 142 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 TNPO3Q9Y5L0 923 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-255ENST00000637100 FN1P02751 2386 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 A0A087X1B8 175 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 LRRC14BA6NHZ5 514 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 TO15178 435 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 ICOSLGO75144 302 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CBR3O75828 277 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 ATP1B1P05026 303 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 C2P06681 752 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 INHBBP09529 407 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 TMIGD3P0DMS9 266 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CPMP14384 443 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PORP16435 677 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PIK3R1P27986 724 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PAFAH1B1P43034 410 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PIK3CGP48736 1102 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 MASP1P48740 699 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 XKP51811 444 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 NEK2P51955 445 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 EEF1A1P68104 462 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CALCOCO2Q13137 446 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 GTF2H2Q13888 395 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CPSF6Q16630 551 aaKnown RBP eCLIP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PFKFB4Q16877 469 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 FAM83EQ2M2I3 478 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 EEF1A1P5Q5VTE0 462 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 GTF2H2CQ6P1K8 395 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 RAPH1Q70E73 1250 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 GOLGA7Q7Z5G4 137 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CTAGE3PQ8IX95 158 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 KCTD4Q8WVF5 259 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PIP5K1AQ99755 562 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 TM9SF2Q99805 663 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 TUBA1CQ9BQE3 449 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 NTMT1Q9BV86 223 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 A8MXE2 369 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 OR7A17O14581 309 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 ACOX3O15254 700 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CLDN9O95484 217 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 GBAP04062 536 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 CHMP24386 653 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 AGFG1P52594 562 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 IRF9Q00978 393 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 RCAN2Q14206 197 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 SLC48A1Q6P1K1 146 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 YRDCQ86U90 279 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 LRRC75A-AS1Q8N1F1 130 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 METTL4Q8N3J2 472 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 PPM1NQ8N819 430 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 NODALQ96S42 347 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 NAPGQ99747 312 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 SMR3AQ99954 134 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-255ENST00000637100 LRRC1Q9BTT6 524 aa14.94□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.5 ms