RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PGGT1B	P53609	377 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A10	P60903	97 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLCA4	Q14CN2	919 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EXOC3L2	Q2M3D2	409 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DCDC5	Q6ZRR9	648 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC5A7	Q9GZV3	580 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SRA1	Q9HD15	236 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EBF1	Q9UH73	591 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC16A8	O95907	504 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF35	P13682	527 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BORA	Q6PGQ7	559 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR3D	Q70Z44	454 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC120	Q96HB5	630 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF778	Q96MU6	729 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PARPBP	Q9NWS1	579 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLGA4	Q13439	2230 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BUI4	141 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF3F	O00303	357 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NAA10	P41227	235 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C18orf21	Q32NC0	220 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC69	Q6ZNQ3	347 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SSX6	Q7RTT6	188 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CPXM2	Q8N436	756 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52B6	Q8NGF0	335 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	LILRB4	Q8NHJ6	448 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DDIT4L	Q96D03	193 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TCEAL4	Q96EI5	215 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SERINC2	Q96SA4	455 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP3K3	Q99759	626 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF559	Q9BR84	538 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC46A2	Q9BY10	475 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTR10	Q9NZ32	417 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BAZ2A	Q9UIF9	1905 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DISC1	C4P0D8	188 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DLGAP1	O14490	977 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FLRT2	O43155	660 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IRF2	P14316	349 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	AK4	P27144	223 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DPPA4	Q7L190	304 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM151B	Q8IW70	566 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC15A3	Q8IY34	581 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NLGN4Y	Q8NFZ3	816 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf78	Q8WTQ4	265 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC106	Q9BWC9	280 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK-18	Q9QC07	812 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF6	Q9Y252	685 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGB6	Q9Y5F9	930 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KRBA1	A5PL33	1030 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		E7ESA3	106 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FANCG	O15287	622 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DPP6	P42658	865 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL19	P84098	196 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF6	Q8IWS0	365 aa	Known RBP eCLIP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CREB3L4	Q8TEY5	395 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXD1	Q9GZZ0	328 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNK12	Q9HB15	430 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NANS	Q9NR45	359 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACSL6	Q9UKU0	697 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GJE1	A6NN92	205 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		B8ZZF3	427 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TYROBP	O43914	113 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CER1	O95813	267 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN10	P78369	228 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RCAN2	Q14206	197 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IER5L	Q5T953	404 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MSANTD1	Q6ZTZ1	278 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BEND4	Q6ZU67	534 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMED4	Q7Z7H5	227 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC15A4	Q8N697	577 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BOLL	Q8N9W6	283 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL20	Q96IG2	436 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BCL7B	Q9BQE9	202 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	POLE4	Q9NR33	117 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ATXN7L1	Q9ULK2	861 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SPO11	Q9Y5K1	396 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HCFC2	Q9Y5Z7	792 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0J9YY10	115 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52A4P	A6NMU1	304 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FTCDNL1	E5RQL4	147 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ANHX	E9PGG2	379 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SMAD6	O43541	496 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BRINP1	O60477	761 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RAD51D	O75771	328 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GCGR	P47871	477 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFAF5	Q5TEU4	345 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	STEAP4	Q687X5	459 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CCBE1	Q6UXH8	406 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR6C4	Q8NGE1	309 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HEBP1	Q9NRV9	189 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCD2	Q9UBJ2	740 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GNT3	Q9Y2A9	372 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CMAHP	Q9Y471	501 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM14A	Q9Y6G1	99 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A8MV72	311 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41

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