RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474929.1

USP54-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 4

Gene USP54, Length 590 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-211ENST00000474929 FBXW4P57775 412 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 RPS13P62277 151 aaKnown RBP7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 TGM3Q08188 693 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 KIF5AQ12840 1032 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 CSHL1Q14406 222 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 KCNJ11Q14654 390 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 ZSWIM7Q19AV6 140 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 SPRED3Q2MJR0 410 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 DPCR1Q3MIW9 517 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 TOR1AIP1Q5JTV8 583 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 DEPDC1Q5TB30 811 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 BICRALQ6AI39 1079 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 MRNIPQ6NTE8 343 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 Q6ZPA2 131 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 C17orf107Q6ZR85 190 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 H2AFVQ71UI9 128 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 REXO1L1PQ8IX06 675 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 UBQLNLQ8IYU4 475 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 C17orf47Q8NEP4 570 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 FNDC9Q8TBE3 224 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 MUCL1Q96DR8 90 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 RBM18Q96H35 190 aaKnown RBP7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 PRRG4Q9BZD6 226 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 ROGDIQ9GZN7 287 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 SERHLQ9NQF3 203 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 DAPP1Q9UN19 280 aa7.15□□□□□ -1.26
USP54-211ENST00000474929 LOC100653049A0A140TA62 436 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 C2orf92A0A1B0GVN3 265 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 DPRXA6NFQ7 191 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ERI2A8K979 691 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CYR61O00622 381 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CD3EAPO15446 510 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ERI3O43414 337 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 KRT34O76011 436 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ETHE1O95571 254 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 DDX5P17844 614 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 FPR2P25090 351 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ADRA1DP25100 572 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SLC1A1P43005 524 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 STARP49675 285 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 HNRNPFP52597 415 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 LIM2P55344 173 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SNRPD2P62316 118 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 REEP5Q00765 189 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 RUNX2Q13950 521 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SPARCL1Q14515 664 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SEMA3AQ14563 771 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 P2RY6Q15077 328 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PPA1Q15181 289 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PARP6Q2NL67 630 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ACSBG2Q5FVE4 666 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 TCHHL1Q5QJ38 904 aaPredicted RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 AGTRAPQ6RW13 159 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SLC22A25Q6T423 547 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 MFSD7Q6UXD7 560 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 MICALCLQ6ZW33 695 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 UBE2R2Q712K3 238 aaPredicted RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SDCCAG8Q86SQ7 713 aaPredicted RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PALM2Q8IXS6 379 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 TMEM52Q8NDY8 209 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 HTRA1Q92743 480 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 TMEM186Q96B77 213 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PYCR2Q96C36 320 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 FOXN4Q96NZ1 517 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 TCF12Q99081 682 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SOX7Q9BT81 388 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 NUP62CLQ9H1M0 184 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 RASSF4Q9H2L5 321 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PELI2Q9HAT8 420 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 LYRM4Q9HD34 91 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 MCTS1Q9ULC4 181 aaKnown RBP7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CRYL1Q9Y2S2 319 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 MAD1L1Q9Y6D9 718 aa7.14□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 EFCAB8A8MWE9 144 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 GOLGA6L22H0YM25 854 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 RAMP1O60894 148 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 NIPSNAP2O75323 286 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PNPP00491 289 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 HIST1H2AGP0C0S8 130 aaPredicted RBP7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 HIST1H2ADP20671 130 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PTAFRP25105 342 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 GIFP27352 417 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 KHKP50053 298 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 PHC1P78364 1004 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 IGLV3-21P80748 117 aaPredicted RBP7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 GANABQ14697 944 aaKnown RBP7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ACAP2Q15057 778 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SGCBQ16585 318 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CTU2Q2VPK5 515 aaKnown RBP7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CTSL3PQ5NE16 218 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 SFRP5Q5T4F7 317 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 CCDC181Q5TID7 509 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 GTF2IRD2BQ6EKJ0 949 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 ALKBH5Q6P6C2 394 aaKnown RBP7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 KLHL17Q6TDP4 642 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 RAD9BQ6WBX8 426 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 NUP54Q7Z3B4 507 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 GTF2IRD2Q86UP8 949 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 P2RY8Q86VZ1 359 aa7.13□□□□□ -1.27
USP54-211ENST00000474929 TDRPQ86YL5 185 aa7.13□□□□□ -1.27
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.4 ms