RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000607092.1

CUX1-220, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 3

Gene CUX1, Length 559 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-220ENST00000607092 PACSIN3Q9UKS6 424 aa5.76□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CNOT11Q9UKZ1 510 aaKnown RBP5.76□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PYCARDQ9ULZ3 195 aa5.76□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 TSC22D4Q9Y3Q8 395 aa5.76□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NPFFR2Q9Y5X5 522 aa5.76□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NCF1BA6NI72 391 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 SYCE1LA8MT33 242 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NCF1CA8MVU1 366 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 TMEM229AB2RXF0 380 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 RNF223E7ERA6 249 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 H0Y3Z8 333 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 MSTNO14793 375 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 FGF17O60258 216 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 UGDHO60701 494 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 IFNA2P01563 188 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ALDOAP04075 364 aaKnown RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 F7P08709 466 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 RFPL3SP0C7P2 107 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NR2F6P10588 404 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NCF1P14598 390 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 EPB42P16452 691 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 STMN1P16949 149 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF16P17020 682 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ELK3P41970 407 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 GDF5P43026 501 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 TAS2R39P59534 338 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 RPS13P62277 151 aaKnown RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 HERVK_113P63132 956 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ERVK-8P63133 956 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 MRPS22P82650 360 aaKnown RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CHIT1Q13231 466 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 SLAMF1Q13291 335 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CUL3Q13618 768 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF267Q14586 743 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 STEAP4Q687X5 459 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 OR52E8Q6IFG1 317 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 POMZP3Q6PJE2 187 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CYP20A1Q6UW02 462 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 SEM1Q6ZVN7 128 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PAGE2Q7Z2X7 111 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NUP54Q7Z3B4 507 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NUDT13Q86X67 352 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 GALNT12Q8IXK2 581 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 AGGF1Q8N302 714 aaeCLIP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF321PQ8N8H1 164 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF441Q8N8Z8 693 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PDPRQ8NCN5 879 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NAXEQ8NCW5 288 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 OR7G3Q8NG95 312 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 OR7G1Q8NGA0 311 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 OR1J4Q8NGS1 313 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 LINC01560Q8TB33 94 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 SPPL2AQ8TCT8 520 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CAVIN3Q969G5 261 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ANKRD9Q96BM1 317 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CFAP36Q96G28 342 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CAPZA3Q96KX2 299 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CCL19Q99731 98 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ERVK-6Q9BXR3 956 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 UGT2B28Q9BY64 529 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CD244Q9BZW8 370 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 EPB41L4BQ9H329 900 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 METTL7AQ9H8H3 244 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 TEX10Q9NXF1 929 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ELOVL5Q9NYP7 299 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 AHSPQ9NZD4 102 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NUDT4Q9NZJ9 180 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 STOML1Q9UBI4 398 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 OPTCQ9UBM4 332 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PSME2Q9UL46 239 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF490Q9ULM2 529 aaPredicted RBP5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 RNF112Q9ULX5 631 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ERVK-19Q9WJR5 959 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 DLGAP4Q9Y2H0 992 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ANGPTL3Q9Y5C1 460 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ARHGAP21Q5T5U3 1957 aa5.75□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CTAGE15A4D2H0 777 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 GOLGA6L10A6NI86 522 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 A8MXE2 369 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 LINC01387J3KSC0 135 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 K7EPI3 171 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CCNT2O60583 730 aaKnown RBP5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ZNF354AO60765 605 aaPredicted RBP5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 ACSL3O95573 720 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 LY6G6DO95868 133 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 TBX6O95947 436 aaPredicted RBP5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CCDC166P0CW27 439 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PCNAP12004 261 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PPP3CBP16298 524 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 PIK3R1P27986 724 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CRABP2P29373 138 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 SPRP35270 261 aaPredicted RBP5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 KRT20P35900 424 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 MC3RP41968 323 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 CASP3P42574 277 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 HSPA7P48741 367 aa5.74□□□□□ -1.49
CUX1-220ENST00000607092 NR0B1P51843 470 aaKnown RBP5.74□□□□□ -1.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.6 ms