RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 MRPS33Q9Y291 106 aaKnown RBP20.1■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CSMD1Q96PZ7 3565 aa20.1■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 FBN2P35556 2912 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ENO4A6NNW6 628 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CLDN4O14493 209 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PRKNO60260 465 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SH3BGRLO75368 114 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 S100BP04271 92 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 EPORP19235 508 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PTGER1P34995 402 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KCNC1P48547 511 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PLTPP55058 493 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MTTPP55157 894 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 GPR85P60893 370 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ILF2Q12905 390 aaKnown RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CHIT1Q13231 466 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SLMAPQ14BN4 828 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TERF2Q15554 542 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CHERPQ8IWX8 916 aaKnown RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ARMC10Q8N2F6 343 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ADAMTS18Q8TE60 1221 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PITHD1Q9GZP4 211 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ALG9Q9H6U8 611 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PTBP2Q9UKA9 531 aaKnown RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 DAPP1Q9UN19 280 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KLF13Q9Y2Y9 288 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MEMO1Q9Y316 297 aa20.09■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TEP1Q99973 2627 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TFECO14948 347 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 IFNA16P05015 189 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MSH2P43246 934 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 IRF8Q02556 426 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 DLG1Q12959 904 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TRADDQ15628 312 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ZNF630Q2M218 657 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CDKL4Q5MAI5 379 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RAPH1Q70E73 1250 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MDGA2Q7Z553 956 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 FGD2Q7Z6J4 655 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SULF2Q8IWU5 870 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ZNF595Q8IYB9 648 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 AGAP11Q8TF27 550 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KIAA1191Q96A73 305 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 WDR34Q96EX3 536 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SEC16BQ96JE7 1060 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 UBXN10Q96LJ8 280 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PHF12Q96QT6 1004 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CCDC77Q9BR77 488 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 EFCAB11Q9BUY7 163 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ADAP2Q9NPF8 381 aa20.08■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 POLQO75417 2590 aa20.08■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SUPT3HB4E1H0 165 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 RTCAO00442 366 aaKnown RBP20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CYR61O00622 381 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CDK2AP1O14519 115 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 PEX1O43933 1283 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SUPT3HO75486 399 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SLC35E2BP0CK96 405 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 TFEBP19484 476 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SPRP35270 261 aaPredicted RBP20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 GPR143P51810 404 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SMSP52788 366 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 XKRXQ6PP77 449 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 FBXO25Q8TCJ0 367 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 PRDM7Q9NQW5 492 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 KCMF1Q9P0J7 381 aa20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 PPIEQ9UNP9 301 aaKnown RBP20.07■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 UBXN8O00124 270 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 HS6ST1O60243 411 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CDC40O60508 579 aaKnown RBP eCLIP20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 PCNAP12004 261 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 HPDP32754 393 aaPredicted RBP20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 SSR4P51571 173 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 ID2Q02363 134 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 TGM3Q08188 693 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 BMPR2Q13873 1038 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 ELAVL1Q15717 326 aaKnown RBP20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 PAGE2BQ5JRK9 111 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 GRTP1Q5TC63 336 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 DCHS2Q6V1P9 2916 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 ZNF793Q6ZN11 406 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 LRRC70Q7Z2Q7 622 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 UBE3DQ7Z6J8 389 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 DOLPP1Q86YN1 238 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 FBF1Q8TES7 1133 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 MS4A8Q9BY19 250 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CD244Q9BZW8 370 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 RUBCNLQ9H714 662 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CHST11Q9NPF2 352 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 NUDT4Q9NZJ9 180 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 ERVK-11Q9UQG0 969 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 CLCA3PQ9Y6N3 262 aa20.06■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 KLRC4-KLRK1H3BQV0 150 aa20.05■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 C19orf84I3L1E1 186 aa20.05■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 LDB3O75112 727 aa20.05■□□□□ 0.8
USP40-215ENST00000484528 OR2J2O76002 312 aa20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.9 ms