RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 CRB3Q9BUF7 120 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TWSG1Q9GZX9 223 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 POPDC3Q9HBV1 291 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 PREBQ9HCU5 417 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF358Q9NW07 568 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 RIMKLBQ9ULI2 386 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 WDR45Q9Y484 360 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 IGKV6-21A0A0C4DH24 114 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GJE1A6NN92 205 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TFECO14948 347 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 H1F0P07305 194 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ITGA5P08648 1049 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TGFBIQ15582 683 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CATSPEREQ5SY80 951 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 AHSA2Q719I0 299 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 DGLUCYQ7Z3D6 616 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TSPAN33Q86UF1 283 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 NPAS3Q8IXF0 933 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 KLHL36Q8N4N3 616 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 FAM86B1Q8N7N1 296 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 OR10G2Q8NGC3 310 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 EDAQ92838 391 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 DDIT4LQ96D03 193 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 NARS2Q96I59 477 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 NMUR2Q9GZQ4 415 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 C8orf4Q9NR00 106 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 BTAF1O14981 1849 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LCHNA4D1U4 455 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CXorf49A8MYA2 514 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LOC110117498-PIK3R3F6TDL0 507 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 MSX1P28360 303 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 SPINT3P49223 89 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 SHC2P98077 582 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 SCN1BQ07699 218 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TSC22D1Q15714 1073 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 DCAF12Q5T6F0 453 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ADNP2Q6IQ32 1131 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF283Q8N7M2 679 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 FANK1Q8TC84 345 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 DOK4Q8TEW6 326 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 PIK3R3Q92569 461 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 KIAA1191Q96A73 305 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ANKRD27Q96NW4 1050 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 USB1Q9BQ65 265 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 KLF16Q9BXK1 252 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 XYLT2Q9H1B5 865 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 RPF2Q9H7B2 306 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CLK4Q9HAZ1 481 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GPN1Q9HCN4 374 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF334Q9HCZ1 680 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 SLAMF7Q9NQ25 335 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 MBLAC1A4D2B0 266 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 MAFKO60675 156 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ABCB7O75027 752 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 HMGN1P05114 100 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF28P17035 718 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ENDOUP21128 410 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GSTM3P21266 225 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CDK6Q00534 326 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GPR107Q5VW38 600 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 UNC5DQ6UXZ4 953 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 BANPQ8N9N5 519 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 NINJ1Q92982 152 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 BORCS8Q96FH0 119 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZBED3Q96IU2 234 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 POLDIP3Q9BY77 421 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ULBP3Q9BZM4 244 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 REEP4Q9H6H4 257 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ABCB9Q9NP78 766 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LGALS13Q9UHV8 139 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 H3BSH0 61 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CSTAP01040 98 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 AOC1P19801 751 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 MAOBP27338 520 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ACSL1P33121 698 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 EEF1A2Q05639 463 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 NXPE4Q6UWF7 544 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LRRTM3Q86VH5 581 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 TDRPQ86YL5 185 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GALNT12Q8IXK2 581 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 RBM12BQ8IXT5 1001 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 ZZZ3Q8IYH5 903 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GPR137CQ8N3F9 429 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 SREK1IP1Q8N9Q2 155 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 OR56A3Q8NH54 315 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 HAVCR1Q96D42 359 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LPAR4Q99677 370 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CIB1Q99828 191 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 HCSTQ9UBK5 93 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 EPHA6Q9UF33 1036 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 A0A0J9YY10 115 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 A0A1B0GVI7 797 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 C1orf226A1L170 272 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 LINC01553A4QN01 128 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 FAM159BA6NKW6 160 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 EPOP01588 193 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 GPIP06744 558 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 CD63P08962 238 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRB-204ENST00000538708 PGCP20142 388 aa9.11□□□□□ -0.95
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.1 ms