RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 TBX6O95947 436 aaPredicted RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 IGHEP01854 428 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SMIM10L1P0DMW3 83 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CNTFP26441 200 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RAPSNQ13702 412 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 DOC2AQ14183 400 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 E2F2Q14209 437 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RBBP7Q16576 425 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PDK4Q16654 411 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TECRLQ5HYJ1 363 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ADGRD1Q6QNK2 874 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TMIGD1Q6UXZ0 262 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ASB18Q6ZVZ8 466 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 LRRC70Q7Z2Q7 622 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SUPV3L1Q8IYB8 786 aaKnown RBP eCLIP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SNX31Q8N9S9 440 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TRPV3Q8NET8 790 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 OR51Q1Q8NH59 317 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 UTP15Q8TED0 518 aaKnown RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 UBTD2Q8WUN7 234 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 C8orf44Q96CB5 159 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 WDR34Q96EX3 536 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SMIM10Q96HG1 83 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EHD1Q9H4M9 534 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 HCN3Q9P1Z3 774 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ADAM21Q9UKJ8 722 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF490Q9ULM2 529 aaPredicted RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CCDC189A1A4V9 331 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF860A6NHJ4 632 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SYCE1LA8MT33 242 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CLGNO14967 610 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 GALR3O60755 368 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 H2AFYO75367 372 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SERPINA6P08185 405 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF888P0CJ79 500 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PLA2G2AP14555 144 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ALOX12P18054 663 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CXCR2P25025 360 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EMP2P54851 167 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SOX8P57073 446 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RGS1Q08116 209 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 HERC3Q15034 1050 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 DEFB134Q4QY38 66 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ADNP2Q6IQ32 1131 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 VN1R5Q7Z5H4 357 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 GALNT16Q8N428 558 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CLEC1AQ8NC01 280 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 OR5T3Q8NGG3 340 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NT5DC2Q9H857 520 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 OR2W5A6NFC9 320 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LRRC14BA6NHZ5 514 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 K7EPI3 171 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 WFS1O76024 890 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SNRPAP09012 282 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HNF4AP41235 474 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 XCR1P46094 333 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CHIT1Q13231 466 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SETDB1Q15047 1291 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PFKFB4Q16877 469 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TUBB8Q3ZCM7 444 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 XKR6Q5GH73 641 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 COLEC12Q5KU26 742 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 FAAH2Q6GMR7 532 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 KLC3Q6P597 504 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TAOK1Q7L7X3 1001 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PTCD3Q96EY7 689 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SMAD5Q99717 465 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF552Q9H707 407 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ATP13A2Q9NQ11 1180 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GPR83Q9NYM4 423 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 OPTCQ9UBM4 332 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MKL2Q9ULH7 1088 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ERICH4A6NGS2 130 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 SLC28A2O43868 658 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HEXBP07686 556 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPH1P31943 449 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CASP2P42575 452 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PGDP52209 483 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ALDH18A1P54886 795 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RAB8AP61006 207 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 OLR1P78380 273 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PCDH1Q08174 1060 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 Q0VFX4 171 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 AIMP2Q13155 320 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MYBPC3Q14896 1274 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TBCCQ15814 346 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TOR1AIP1Q5JTV8 583 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TMEM205Q6UW68 189 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRICKLE2Q7Z3G6 844 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 KRT78Q8N1N4 520 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 AMER2Q8N7J2 671 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PITHD1Q9GZP4 211 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 VN1R1Q9GZP7 353 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HEMK1Q9Y5R4 338 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LOC102723996A0A087X1L8 192 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 A0A1W2PQ72 361 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LRIT2A6NDA9 550 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 COX6A1P12074 109 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 COL6A2P12110 1019 aa14.94□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.6 ms