RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000254667.7

PTPRE-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type E, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRE, Length 5,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRE-201ENST00000254667 UPF3BQ9BZI7 483 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 SCAND2PQ9GZW5 306 aaPredicted RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 DDX11Q96FC9 970 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 SNRPA1P09661 255 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 TTF1Q15361 905 aaPredicted RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC8Q9H0W5 538 aaPredicted RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC83Q8IWF9 413 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 NGLY1Q96IV0 654 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 PHAXQ9H814 394 aaKnown RBP22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 MAP3K11Q16584 847 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 IQCA1Q86XH1 822 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP22.2■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 MINDY4BA8MYZ0 360 aa22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF213O14771 459 aa22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 CDC5LQ99459 802 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 MSH6P52701 1360 aa22.18■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa22.18■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 WDR7Q9Y4E6 1490 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 LIMCH1Q9UPQ0 1083 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 ERLIN2O94905 339 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 BMP2KLQ5H9B9 411 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 ZBTB3Q9H5J0 574 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 MPHOSPH10O00566 681 aaKnown RBP22.16■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 PPP1R42Q7Z4L9 355 aa22.16■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 SYCP2Q9BX26 1530 aa22.16■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 C8orf76Q96K31 380 aa22.16■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF444Q8N0Y2 327 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 RIMS2Q9UQ26 1411 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 NPHP3Q7Z494 1330 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 TNIP1Q15025 636 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 SLC12A7Q9Y666 1083 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 NOM1Q5C9Z4 860 aaKnown RBP22.15■■□□□ 1.14
PTPRE-201ENST00000254667 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PI4KAP2A4QPH2 592 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 LDHCP07864 332 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PRAG1Q86YV5 1406 aa22.13■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa22.13■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC181Q5TID7 509 aa22.13■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 RAB34Q9BZG1 259 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ABCC10Q5T3U5 1492 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PIBF1Q8WXW3 757 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 GPTP24298 496 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 FERMT3Q86UX7 667 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC112Q8NEF3 446 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 RANBP6O60518 1105 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 FAM83GA6ND36 823 aa22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 HMG20BQ9P0W2 317 aa22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PPP1R12BO60237 982 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 UBE3BQ7Z3V4 1068 aa22.11■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ANO10Q9NW15 660 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 UQCRFS1P1P0C7P4 283 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 IQCEQ6IPM2 695 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 KRI1Q8N9T8 703 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 IFIT3O14879 490 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 SSRP1Q08945 709 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 HDAC1Q13547 482 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 CATIPQ7Z7H3 387 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 CTAGE5O15320 804 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC183Q5T5S1 534 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PATL2C9JE40 543 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA8AA7E2F4 631 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA8BA8MQT2 603 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 EIF5P55010 431 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 AKAP4Q5JQC9 854 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 PTPRKQ15262 1439 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ALDH1L1O75891 902 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 ERLIN1O75477 346 aa22.08■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 TTC22Q5TAA0 569 aa22.08■■□□□ 1.13
PTPRE-201ENST00000254667 GOLIM4O00461 696 aa22.08■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 CWC15Q9P013 229 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 BAG3O95817 575 aa22.08■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF397Q8NF99 534 aaPredicted RBP22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 DESP17661 470 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 TMEM266Q2M3C6 531 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 CFAP100Q494V2 611 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 EPB41L2O43491 1005 aaKnown RBP22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 CHRNA2Q15822 529 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC12Q8WUD4 166 aaPredicted RBP22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 CUL5Q93034 780 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 SHANK2Q9UPX8 1470 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 FILIP1Q7Z7B0 1213 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 KIAA0556O60303 1618 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRE-201ENST00000254667 SYCE3A1L190 88 aa22.06■■□□□ 1.12
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