RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561689.6

CLN3-209, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,957 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-209ENST00000561689 CLPTM1LQ96KA5 538 aa20.52■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 EFCAB11Q9BUY7 163 aa20.52■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 EHD1Q9H4M9 534 aa20.52■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 A8MUI8 341 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 FBP2O00757 339 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SH3BGRLO75368 114 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SLC22A3O75751 556 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 RSL1D1O76021 490 aaKnown RBP20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SLC19A1P41440 591 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 C1orf61Q13536 156 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 KIAA0040Q15053 153 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 VPS26BQ4G0F5 336 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PDCD4Q53EL6 469 aaKnown RBP20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CYP20A1Q6UW02 462 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 C17orf64Q86WR6 236 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 DEFB107AQ8IZN7 70 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MFSD2AQ8NA29 543 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ZNF740Q8NDX6 193 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CXorf40BQ96DE9 158 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 APIPQ96GX9 242 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SLC25A23Q9BV35 468 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 EFCAB1Q9HAE3 211 aa20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SPATA6Q9NWH7 488 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CUEDC1Q9NWM3 386 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 EIF3LQ9Y262 564 aaKnown RBP20.51■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 A0A1W2PR77 199 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PIPSLA2A3N6 862 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MAGEB17A8MXT2 336 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CTSEP14091 401 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 STX5Q13190 355 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ART3Q13508 389 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MMEL1Q495T6 779 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PAGE2BQ5JRK9 111 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 OR2L8Q8NGY9 312 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 FAM174AQ8TBP5 190 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 RAB11FIP5Q9BXF6 653 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MRPL1Q9BYD6 325 aaKnown RBP20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 GSDMCQ9BYG8 508 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PCBD2Q9H0N5 130 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 KIR3DX1Q9H7L2 352 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 TAAR2Q9P1P5 351 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SERTM1A2A2V5 107 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MRPL19P49406 292 aaKnown RBP20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 RACK1P63244 317 aaKnown RBP20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 IRX1P78414 480 aaPredicted RBP20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CSTF3Q12996 717 aaKnown RBP20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 GRIK2Q13002 908 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PTGR1Q14914 329 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 REP15Q6BDI9 236 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SLC36A4Q6YBV0 504 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ARMCX6Q7L4S7 300 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 TAF8Q7Z7C8 310 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SFTPA2Q8IWL1 248 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 DSELQ8IZU8 1212 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 LIX1Q8N485 282 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 OR4E2Q8NGC2 313 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PROKR1Q8TCW9 393 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 NUDT8Q8WV74 236 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PATE1Q8WXA2 126 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ACTL8Q9H568 366 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 TM9SF3Q9HD45 589 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 BAIAP2L1Q9UHR4 511 aa20.5■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 KNL1Q8NG31 2342 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 NRP2O60462 931 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ETHE1O95571 254 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 JUNDP17535 347 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CAPN3P20807 821 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 IL12AP29459 219 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MAD2L1Q13257 205 aaPredicted RBP20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 HIST2H2ACQ16777 129 aaPredicted RBP20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SMU1Q2TAY7 513 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PRRT3Q5FWE3 981 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 HIST2H2AA3Q6FI13 130 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 IYDQ6PHW0 289 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 BLOC1S3Q6QNY0 202 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 FAM20CQ8IXL6 584 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PARP9Q8IXQ6 854 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 FAM13CQ8NE31 585 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 LCN9Q8WX39 176 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 REPS1Q96D71 796 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CMTM7Q96FZ5 175 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ZIM2Q9NZV7 527 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 VPS29Q9UBQ0 182 aa20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 APOBEC3BQ9UH17 382 aaKnown RBP20.49■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 H7BY64 318 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 TLR4O00206 839 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 MGRN1O60291 552 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 NDUFS1P28331 727 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ZFP36L2P47974 494 aaKnown RBP20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 ZNF33BQ06732 778 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SIGLEC14Q08ET2 396 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 CACHD1Q5VU97 1274 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 FAM129CQ86XR2 697 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 LAS2Q8IYD9 372 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 OR2A1Q8NGT9 310 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 APOLD1Q96LR9 279 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 PRAP1Q96NZ9 151 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 IER2Q9BTL4 223 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 SPHK1Q9NYA1 384 aa20.48■□□□□ 0.87
CLN3-209ENST00000561689 DLGAP4Q9Y2H0 992 aa20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.3 ms