RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 ZNF792Q3KQV3 632 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 XYLT1Q86Y38 959 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PARP8Q8N3A8 854 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ARHGAP9Q9BRR9 750 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 USP29Q9HBJ7 922 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ZNF69Q9UC07 566 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SLC22A1O15245 554 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SEC23BQ15437 767 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SPOCK2Q92563 424 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 GTPBP3Q969Y2 492 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MND1Q9BWT6 205 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 VPS29Q9UBQ0 182 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 NDUFS4O43181 175 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 RGS19P49795 217 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PHF19Q5T6S3 580 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SLC22A4Q9H015 551 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CARS2Q9HA77 564 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 KCNN3Q9UGI6 736 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CA12O43570 354 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HERVK_113P63132 956 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 LNX1Q8TBB1 728 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ERVK-6Q9BXR3 956 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 EBPLQ9BY08 206 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 FCF1Q9Y324 198 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 KIF1AQ12756 1690 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MAT2AP31153 395 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 GPR33Q49SQ1 333 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 BRAT1Q6PJG6 821 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ADGRD1Q6QNK2 874 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HAPLN3Q96S86 360 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HSD17B14Q9BPX1 270 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 TSPAN4O14817 238 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MFSD11O43934 449 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 OR12D2P58182 307 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MVKQ03426 396 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 POLR2J2Q9GZM3 115 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 FBXW11Q9UKB1 542 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ENPP3O14638 875 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ITGA5P08648 1049 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SYCE2Q6PIF2 218 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ZNF676Q8N7Q3 588 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SIDT2Q8NBJ9 832 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HNRNPABQ99729 332 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MAFBQ9Y5Q3 323 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 GADD45GO95257 159 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HRGP04196 525 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HCKP08631 526 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ARMCX6Q7L4S7 300 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 JAGN1Q8N5M9 183 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CD180Q99467 661 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MTERF1Q99551 399 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 UCK2Q9BZX2 261 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 BRD7Q9NPI1 651 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CSTBP04080 98 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 DHPSP49366 369 aaPredicted RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 TAS2R40P59535 323 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CARD16Q5EG05 197 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ASB18Q6ZVZ8 466 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CMTR2Q8IYT2 770 aaKnown RBP9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 LNX2Q8N448 690 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MAFFQ9ULX9 164 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 LGR5O75473 907 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CSNK2A2P19784 350 aaPredicted RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CRB2Q5IJ48 1285 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 OR52E4Q8NGH9 312 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 TMEM184CQ9NVA4 438 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PMF1-BGLAPU3KQ54 211 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 DLG5Q8TDM6 1919 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 VEGFDO43915 354 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MT-ND5P03915 603 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 HSPA7P48741 367 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 IST1P53990 364 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 GNA12Q03113 381 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 GRIK5Q16478 980 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 AAK1Q2M2I8 961 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PLEKHG6Q3KR16 790 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SCGB2B2Q4G0G5 96 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ING5Q8WYH8 240 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PTPN18Q99952 460 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ZFP37Q9Y6Q3 630 aaPredicted RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PTGS2P35354 604 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CLNKQ7Z7G1 428 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CMC1Q7Z7K0 106 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ZC3HC1Q86WB0 502 aaKnown RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 RASGEF1CQ8N431 466 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 FANK1Q8TC84 345 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 DQX1Q8TE96 717 aaKnown RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SNX27Q96L92 541 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 PLK2Q9NYY3 685 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 CXCR6O00574 342 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 SCGB1D2O95969 90 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 MT-CYBP00156 380 aaPredicted RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 POU2F1P14859 743 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 NPR2P20594 1047 aa9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 ARRB1P49407 418 aaPredicted RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 AIMP2Q13155 320 aaKnown RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 DUS1LQ6P1R4 473 aaKnown RBP9.11□□□□□ -0.95
CUX1-201ENST00000292535 TUBA3EQ6PEY2 450 aa9.11□□□□□ -0.95
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.3 ms