RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574322.5

CTDNEP1-210, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,708 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NPPA	P01160	153 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SLC34A1	Q06495	639 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	DOC2A	Q14183	400 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TLR1	Q15399	786 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	XKR6	Q5GH73	641 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	RPLP0P6	Q8NHW5	317 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	WDR20	Q8TBZ3	569 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	RAD51AP1	Q96B01	352 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CMTM7	Q96FZ5	175 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TIMM29	Q9BSF4	260 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	STOML1	Q9UBI4	398 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	LEF1	Q9UJU2	399 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ACSL5	Q9ULC5	683 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	MMP17	Q9ULZ9	603 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NCOR1	O75376	2440 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ASPDH	A6ND91	283 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CCDC154	A6NI56	674 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322		E7EQ34	232 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	FXYD1	O00168	92 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SEC22B	O75396	215 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	STARD6	P59095	220 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	AP2B1	P63010	937 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CSTF3	Q12996	717 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CCDC6	Q16204	474 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SPATS1	Q496A3	300 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CACHD1	Q5VU97	1274 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TMEM92	Q6UXU6	159 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SCARF2	Q96GP6	870 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ABCD2	Q9UBJ2	740 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SUCO	Q9UBS9	1254 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NDRG2	Q9UN36	371 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TMED5	Q9Y3A6	229 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NUMA1	Q14980	2115 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CEACAM5	P06731	702 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	XRCC1	P18887	633 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	KEL	P23276	732 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TAP2	Q03519	686 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SAMD4B	Q5PRF9	694 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SYTL1	Q8IYJ3	562 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	DPP10	Q8N608	796 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	GLB1L3	Q8NCI6	653 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TFG	Q92734	400 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	MTFMT	Q96DP5	389 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	S100A14	Q9HCY8	104 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ADA2	Q9NZK5	511 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ASF1A	Q9Y294	204 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TTC28	Q96AY4	2481 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PRR19	A6NJB7	356 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322		C9JVG2	144 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ACOT8	O14734	319 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	BCAS2	O75934	225 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	FUCA1	P04066	466 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	RPN2	P04844	631 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ERG	P11308	486 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ACADM	P11310	421 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	HSD3B1	P14060	373 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NPPB	P16860	134 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	HSD3B2	P26439	372 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PNLIPRP1	P54315	467 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TBPL1	P62380	186 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SLCO4C1	Q6ZQN7	724 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TRIM69	Q86WT6	500 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SUPV3L1	Q8IYB8	786 aa	Known RBP eCLIP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	FAM9C	Q8IZT9	166 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PPFIBP2	Q8ND30	876 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	DENND6B	Q8NEG7	585 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	SETD7	Q8WTS6	366 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	METTL2A	Q96IZ6	378 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	APOO	Q9BUR5	198 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	EHD1	Q9H4M9	534 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TM7SF3	Q9NS93	570 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PACSIN3	Q9UKS6	424 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PRR23A	A6NEV1	266 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NDUFV2	P19404	249 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	NEK2	P51955	445 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ARHGAP19	Q14CB8	494 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	USP39	Q53GS9	565 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	C10orf62	Q5T681	223 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CAPRIN2	Q6IMN6	1127 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	LAYN	Q6UX15	382 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	OR5K2	Q8NHB8	316 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	LRRC58	Q96CX6	371 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ASB9	Q96DX5	294 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	FCRL1	Q96LA6	429 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	CIDEB	Q9UHD4	219 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PCDHGA11	Q9Y5H2	935 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	TRIO	O75962	3097 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	KANSL1L	A0AUZ9	987 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	STK25	O00506	426 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	ANP32D	O95626	131 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PRPS2	P11908	318 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PPP2CB	P62714	309 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	PPP2CA	P67775	309 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	MS4A2	Q01362	244 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-210	ENST00000574322	VPS33A	Q96AX1	596 aa		27.52	■■■□□ 2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.4 ms