RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556726.5

CCDC88C-211, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 5

Gene CCDC88C, Length 3,617 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-211ENST00000556726 CEBPZQ03701 1054 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CCDC83Q8IWF9 413 aa14.68□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CNTROBQ8N137 903 aa14.68□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 PALD1Q9ULE6 856 aa14.68□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 TNRQ92752 1358 aa14.68□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CASTP20810 708 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 JAKMIP1Q96N16 626 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 DNAJC2Q99543 621 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 FSD1Q9BTV5 496 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 ADGRB3O60242 1522 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 KCNQ3O43525 872 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 ZSCAN23Q3MJ62 389 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 NEUROD6Q96NK8 337 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 BOLA2Q9H3K6 86 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 SLC39A6Q13433 755 aa14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 ESYT1Q9BSJ8 1104 aa14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 ZNF853P0CG23 659 aa14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 ZKSCAN1P17029 563 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 UNC5CLQ8IV45 518 aa14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CWF19L2Q2TBE0 894 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 MROH2AA6NES4 1674 aa14.66□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 NBPF7P0C2Y1 421 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CWC22Q9HCG8 908 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 RTL1A6NKG5 1358 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 KIAA2012Q0VF49 1180 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 KLHL40Q2TBA0 621 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 SPC24Q8NBT2 197 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 KIF2CQ99661 725 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 PHF8Q9UPP1 1060 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-211ENST00000556726 CCDC173Q0VFZ6 552 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NEXNQ0ZGT2 675 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NECAB1Q8N987 351 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 DNAAF4Q8WXU2 420 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CLASP1Q7Z460 1538 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ROBO2Q9HCK4 1378 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 RHPN1Q8TCX5 695 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 GORABQ5T7V8 394 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 KLHDC4Q8TBB5 520 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ZNF830Q96NB3 372 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 IL17REQ8NFR9 667 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 IQSEC2Q5JU85 1478 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 HECW2Q9P2P5 1572 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 TTC5Q8N0Z6 440 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 RUFY2Q8WXA3 655 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 FAM135BQ49AJ0 1406 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 MYOM1P52179 1685 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CHMLP26374 656 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ATP8B2P98198 1209 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 TSPOAP1O95153 1857 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ADGRB1O14514 1584 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 LRRC7Q96NW7 1537 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CAMK4Q16566 473 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 RBSNQ9H1K0 784 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 HOXC9P31274 260 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 KIF1BPQ96EK5 621 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NDUFB9Q9Y6M9 179 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 TSPY26PQ9H489 355 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 H3BQV1 296 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 IFFO2Q5TF58 517 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 DDX11Q96FC9 970 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 BICD2Q8TD16 824 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 USP25Q9UHP3 1055 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CNPY2Q9Y2B0 182 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ABCA9Q8IUA7 1624 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 DDX58O95786 925 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CHRNA2Q15822 529 aa14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 TFIP11Q9UBB9 837 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PDRG1Q9NUG6 133 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 FLT4P35916 1363 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 FAM173BQ6P4H8 233 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 ZSCAN30Q86W11 494 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 CABLES1Q8TDN4 633 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 USP44Q9H0E7 712 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NSFL1CQ9UNZ2 370 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PHF14O94880 888 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 MBD3O95983 291 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 HSP90AB4PQ58FF6 505 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NBPF6Q5VWK0 638 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 FAM184AQ8NB25 1140 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 NBPF4Q96M43 638 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC88C-211ENST00000556726 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC88C-211ENST00000556726 TAF7LQ5H9L4 462 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC88C-211ENST00000556726 LRRC2Q9BYS8 371 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC88C-211ENST00000556726 CYP46A1Q9Y6A2 500 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC88C-211ENST00000556726 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC88C-211ENST00000556726 GADD45BO75293 160 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.5 ms