RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 USP5P45974 858 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 AKAP4Q5JQC9 854 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 RNF41Q9H4P4 317 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CDKL5O76039 1030 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 POLR3DP05423 398 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PPP2R1AP30153 589 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 BRDTQ58F21 947 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD18AQ8IVF6 992 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ALDH1B1P30837 517 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CDK5RAP3Q96JB5 506 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MVPQ14764 893 aaKnown RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NLGN1Q8N2Q7 840 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ANO2Q9NQ90 1003 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 IFT57Q9NWB7 429 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CHRNA2Q15822 529 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 IPO7O95373 1038 aaKnown RBP9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 IL27Q8NEV9 243 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 WASF1Q92558 559 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ABCA8O94911 1581 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 GRIPAP1Q4V328 841 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 THRAP3Q9Y2W1 955 aaKnown RBP9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CHD1O14646 1710 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa9.63□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 GCP02774 474 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SLC4A2P04920 1241 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TNPO1Q92973 898 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CNKSR1Q969H4 720 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TMC4Q7Z404 712 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 RAB11FIP3O75154 756 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 KRT32Q14532 448 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 GCC1Q96CN9 775 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 UBAC1Q9BSL1 405 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 BABAM1Q9NWV8 329 aa9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NOL7Q9UMY1 257 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 KRT27Q7Z3Y8 459 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SLC5A4Q9NY91 659 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MLH3Q9UHC1 1453 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TDO2P48775 406 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 JCADQ9P266 1359 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD1Q15327 319 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 WDR78Q5VTH9 848 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC125Q86Z20 511 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CNBD1Q8NA66 436 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 IP6K1Q92551 441 aa9.61□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PAF1Q8N7H5 531 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 LRRFIP2Q9Y608 721 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM94Q12767 1356 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 RPAP2Q8IXW5 612 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PNMA2Q9UL42 364 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SPDYE4A6NLX3 237 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 H7C1D1 291 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 GLRX3O76003 335 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PDCP20941 246 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NBPF1Q3BBV0 1214 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NME9Q86XW9 330 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 JMYQ8N9B5 988 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC196A0A1B0GTZ2 297 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF76P36508 570 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF444Q8N0Y2 327 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NOC3LQ8WTT2 800 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NPATQ14207 1427 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SSFA2P28290 1259 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TNFAIP1Q13829 316 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 NIM1KQ8IY84 436 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 DRC7Q8IY82 874 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC12Q8WUD4 166 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MKNK2Q9HBH9 465 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MCM2P49736 904 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 PLCB2Q00722 1185 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SEC63Q9UGP8 760 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SLC4A3P48751 1232 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 ODF2Q5BJF6 829 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CRBNQ96SW2 442 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 BIN2Q9UBW5 565 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC69A6NI79 296 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 GNPATO15228 680 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 GRIN3BO60391 1043 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 ZFYVE9O95405 1425 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 KIF4AO95239 1232 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 ZBED9Q6R2W3 1325 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 KRT18P05783 430 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 APBB1IPQ7Z5R6 666 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 ABCF2Q9UG63 623 aa9.57□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 NIP7Q9Y221 180 aaKnown RBP eCLIP9.57□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
PTPRB-209ENST00000550857 FAM98CQ17RN3 349 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.2 ms