Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RNU6-42P-201ENST00000384165 107 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 Y_RNA.544-201ENST00000384650 113 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 MIR34C-201ENST00000384831 77 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 RNA5SP89-201ENST00000410300 108 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 AL078603.1-201ENST00000603824 313 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 AL157834.3-201ENST00000615543 103 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP53Q70EK8 RNY1P2-201ENST00000364820 117 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.601-201ENST00000410500 113 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 snoU13.21-201ENST00000459368 105 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6-1006P-201ENST00000516998 103 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AP001362.1-201ENST00000625165 124 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 ZNF209P-201ENST00000593450 2304 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNA5SP363-201ENST00000365072 115 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU1-98P-201ENST00000458992 160 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AC023827.1-201ENST00000569247 97 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AP001318.4-201ENST00000616637 121 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR6734-201ENST00000621166 68 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 ABCA5-201ENST00000392676 8220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.51□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNA5SP327-201ENST00000362494 101 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR517C-201ENST00000385103 95 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 TRAJ1-201ENST00000390536 62 ntAPPRIS P1 BASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR1323-201ENST00000408090 73 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6ATAC6P-201ENST00000408132 126 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SCARNA23-201ENST00000516060 130 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNA5SP220-201ENST00000516298 104 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AC138749.4-201ENST00000563970 127 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR4452-201ENST00000583004 71 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AC096720.1-201ENST00000604441 183 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AC008163.1-202ENST00000636004 2889 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 PPP1R3A-201ENST00000284601 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORD38.1-201ENST00000363863 68 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6-934P-201ENST00000365154 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORA25-201ENST00000384384 134 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORD83.1-201ENST00000411362 77 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6-109P-201ENST00000516364 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6-184P-201ENST00000516514 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU6-158P-201ENST00000517104 100 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SKIL-204ENST00000458537 7182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.49□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.247-201ENST00000364500 92 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU1-36P-201ENST00000365130 165 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.348-201ENST00000365403 103 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORD26-201ENST00000384147 75 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORD93-201ENST00000408813 74 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RPS29P28-201ENST00000446439 141 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU7-185P-201ENST00000459215 60 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.677-201ENST00000516401 85 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR4421-201ENST00000578133 69 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 5S_rRNA.15-201ENST00000611169 127 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 U6.109-201ENST00000636749 87 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 AC023934.1-201ENST00000574529 2389 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 ANGPTL3-201ENST00000371129 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.48□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.93-201ENST00000363066 109 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORD45B-201ENST00000364617 72 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 MIR222-201ENST00000384992 110 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 TRAJ3-201ENST00000390534 62 ntAPPRIS P1 BASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 Y_RNA.588-201ENST00000391254 102 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 RNU1-123P-201ENST00000458950 160 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 SNORA31.24-201ENST00000517232 57 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
USP53Q70EK8 LRRIQ1-202ENST00000393217 5394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNA5SP133-201ENST00000363368 119 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR1304-201ENST00000408243 91 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC002429.1-201ENST00000437672 148 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4491-201ENST00000581087 68 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC027335.2-201ENST00000624030 375 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 HSBP1P2-201ENST00000299671 229 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 Y_RNA.107-201ENST00000363190 121 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-905P-201ENST00000384434 107 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 SNORD38.2-201ENST00000384470 69 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR7-2-201ENST00000384970 110 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR1257-201ENST00000408490 117 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RPS26P5-201ENST00000418544 335 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AL354695.1-201ENST00000427935 228 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC023790.1-201ENST00000482174 347 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 Y_RNA.659-201ENST00000515994 113 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 SNORA40.13-201ENST00000516379 120 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU7-40P-201ENST00000516397 64 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNA5SP102-201ENST00000516865 106 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4771-2-201ENST00000577758 74 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4771-1-201ENST00000582617 74 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 NFIA-AS1-206ENST00000630199 220 ntTSL 5 BASIC1.45□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-170P-201ENST00000362832 104 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 Y_RNA.95-201ENST00000363079 95 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-640P-201ENST00000363693 105 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC004941.2-201ENST00000427009 228 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4439-201ENST00000583746 80 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC012531.4-201ENST00000616509 177 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AL353770.2-201ENST00000620024 78 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC091304.10-201ENST00000641554 121 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 ZGRF1-202ENST00000309071 3347 ntTSL 1 (best) BASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 Y_RNA.119-201ENST00000363301 96 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-994P-201ENST00000410507 111 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MTATP8P2-201ENST00000435212 202 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-795P-201ENST00000516323 103 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC020891.4-201ENST00000605745 93 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR6078-201ENST00000611069 100 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR2052-201ENST00000636055 55 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-369P-201ENST00000362515 102 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR125B2-201ENST00000385128 89 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR548G-201ENST00000408442 89 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU4-83P-201ENST00000410863 133 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 172.7 ms