Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 KIAA1551-201ENST00000312561 6230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.92□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 ZBBX-205ENST00000455345 3185 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.92□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 SENP7-201ENST00000314261 4736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 MIR378A-201ENST00000362177 66 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 SNORD33-201ENST00000362761 85 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 RNU6-880P-201ENST00000384526 107 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 RNU6-1104P-201ENST00000384723 104 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 Y_RNA.709-201ENST00000516952 92 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 AC004812.1-201ENST00000540773 146 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 AC022523.2-201ENST00000561045 150 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 MIR548AO-201ENST00000579992 96 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 MIR5089-201ENST00000580047 84 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 MIR3192-201ENST00000584920 77 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 Z97988.1-201ENST00000637697 135 ntBASIC1.91□□□□□ -2.1
USP53Q70EK8 Y_RNA.35-201ENST00000362601 101 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SNORA1.1-201ENST00000364671 133 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNA5SP160-201ENST00000364866 120 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MT-TI-201ENST00000387365 69 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR676-201ENST00000390702 67 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AL512326.2-201ENST00000426359 151 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 HMGN1P33-201ENST00000432945 451 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU6-717P-201ENST00000459076 104 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC079140.2-201ENST00000506193 142 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU6-1258P-201ENST00000516911 111 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 IGHVII-40-1-201ENST00000517316 58 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 snoU13.31-201ENST00000607291 104 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AP000648.3-201ENST00000623539 4507 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SI-201ENST00000264382 6011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SNORD115-2-201ENST00000362842 82 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SNORD115-20-201ENST00000365099 82 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.531-201ENST00000384589 121 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR759-201ENST00000390224 91 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNY4P18-201ENST00000391107 89 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RPS3AP1-201ENST00000413190 320 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC027119.1-201ENST00000440877 241 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC073127.1-201ENST00000447336 333 ntTSL 3 BASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR3935-201ENST00000583472 104 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNY4P6-201ENST00000363667 96 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.171-201ENST00000363760 102 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU6-44P-201ENST00000384045 107 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MTATP6P29-201ENST00000415057 132 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC063976.4-201ENST00000421971 163 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RPS23P4-201ENST00000487908 423 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC008834.1-201ENST00000511612 175 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNA5SP364-201ENST00000516938 78 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC007991.3-201ENST00000517623 502 ntTSL 4 BASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC007012.1-201ENST00000567192 175 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR3163-201ENST00000581592 73 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU6-1065P-201ENST00000384513 106 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC009474.2-201ENST00000451383 136 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU7-113P-201ENST00000459273 62 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC113410.1-201ENST00000505029 247 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SNORA25.15-201ENST00000516487 89 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC019176.1-201ENST00000518519 225 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR4679-2-201ENST00000578358 77 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 SPTSSB-205ENST00000620149 231 ntAPPRIS P1 BASIC1.87□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 TBL1XR1-208ENST00000430069 7948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.118-201ENST00000363300 101 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC003989.2-201ENST00000440224 169 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RPL39P39-201ENST00000455840 151 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RPL30P7-201ENST00000479312 323 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR3937-201ENST00000580135 106 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC012493.3-201ENST00000604494 112 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.281-201ENST00000364774 94 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.299-201ENST00000364973 94 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 TRAJ49-201ENST00000390488 56 ntAPPRIS P1 BASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU6-602P-201ENST00000411155 105 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC079760.1-201ENST00000456952 202 ntTSL 3 BASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC007450.1-201ENST00000536492 188 ntTSL 3 BASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 CYP3A52P-201ENST00000563326 91 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR8065-201ENST00000620577 100 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNA5SP190-201ENST00000365222 118 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.354-201ENST00000365448 111 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 Y_RNA.470-201ENST00000384307 117 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 RNU1-78P-201ENST00000391248 165 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 AC090844.1-201ENST00000422019 156 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 snoU13.25-201ENST00000458945 104 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 MIR3664-201ENST00000579074 99 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP53Q70EK8 ZNF260-203ENST00000588993 4174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.84□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 AL391516.1-201ENST00000554380 2449 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 ZGRF1-203ENST00000445203 6529 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 RNU6-755P-201ENST00000364400 103 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 MIR548D2-201ENST00000384955 97 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 SNORA17.3-201ENST00000391159 129 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 MIR1302-7-201ENST00000408841 72 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 AC245517.4-201ENST00000448601 281 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 RNU6-947P-201ENST00000516264 106 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 RNU6-412P-201ENST00000516434 106 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 MIR4422-201ENST00000581938 83 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 C16orf97-206ENST00000622950 415 ntTSL 2 BASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 NPAT-201ENST00000278612 6117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC1.83□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 SLC9C2-201ENST00000367714 4428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 LINC00643-201ENST00000334389 3247 ntTSL 2 BASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 Y_RNA.362-201ENST00000365518 110 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 Y_RNA.508-201ENST00000384502 114 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 Y_RNA.549-201ENST00000384657 102 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 SNORD12C-201ENST00000386307 89 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 MIR934-201ENST00000401241 83 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP53Q70EK8 RNU4-69P-201ENST00000410677 143 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
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