Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SNORA32-201ENST00000384072 121 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR9-1-201ENST00000385198 89 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AL138827.1-201ENST00000402666 306 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNA5SP21-201ENST00000410917 96 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RAB6C-AS1-202ENST00000433431 123 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU7-73P-201ENST00000458743 63 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR4446-201ENST00000578505 67 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 U7.3-201ENST00000616123 62 ntBASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 SENP7-205ENST00000394091 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 FOXP2-210ENST00000403559 6415 ntTSL 2 BASIC2.9□□□□□ -1.95
USP4Q13107 ZNF117-204ENST00000620222 5317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 OSTN-201ENST00000339051 402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 Y_RNA.430-201ENST00000384081 110 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-1067P-201ENST00000384752 107 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC099513.1-201ENST00000490423 301 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNA5SP481-201ENST00000516814 122 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AP003327.1-201ENST00000529684 127 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR4435-1-201ENST00000582552 80 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 FAM106DP-201ENST00000586416 501 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 SYTL2-230ENST00000634661 6672 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 OR4K2-204ENST00000641885 8681 ntAPPRIS P1 BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 NEB-203ENST00000397345 26202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 NEB-209ENST00000427231 26202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
USP4Q13107 LINC01790-201ENST00000447194 2852 ntTSL 2 BASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 Y_RNA.17-201ENST00000362433 111 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNA5SP126-201ENST00000365092 109 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR196B-201ENST00000384852 84 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR512-1-201ENST00000384913 84 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC096949.1-201ENST00000412047 152 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AL355388.1-201ENST00000415726 401 ntTSL 2 BASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC022254.1-201ENST00000567857 235 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC024610.1-201ENST00000582685 323 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC010297.1-201ENST00000623948 149 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AL512310.12-203ENST00000640543 90 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 LTN1-201ENST00000361371 7685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.88□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU1-112P-201ENST00000364401 164 ntBASIC2.87□□□□□ -1.95
USP4Q13107 Y_RNA.659-201ENST00000515994 113 ntBASIC2.87□□□□□ -1.95
USP4Q13107 SNORA31.15-201ENST00000516771 132 ntBASIC2.87□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR4777-201ENST00000583710 86 ntBASIC2.87□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC091304.10-201ENST00000641554 121 ntBASIC2.87□□□□□ -1.95
USP4Q13107 ATP11C-202ENST00000361648 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-457P-201ENST00000363999 107 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 SNORD45B-201ENST00000364617 72 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-60P-201ENST00000364792 103 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 Y_RNA.537-201ENST00000384626 109 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 Y_RNA.593-201ENST00000410292 98 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 HMGN1P33-201ENST00000432945 451 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-1018P-201ENST00000516577 106 ntBASIC2.86□□□□□ -1.95
USP4Q13107 SCN1A-219ENST00000641575 12874 ntAPPRIS ALT1 BASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-1201P-201ENST00000384227 107 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU6-1152P-201ENST00000384576 107 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 IGHVIII-5-1-201ENST00000523059 99 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 CERS3-AS1-201ENST00000560643 372 ntTSL 3 BASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR3670-2-201ENST00000582974 65 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR3670-1-201ENST00000584160 65 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR3670-3-201ENST00000584855 65 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR3670-4-201ENST00000612260 65 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 LCORL-202ENST00000382224 4984 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MYSM1-208ENST00000622766 6020 ntTSL 1 (best) BASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 TAB3-205ENST00000378933 6671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.85□□□□□ -1.95
USP4Q13107 CACNB4-238ENST00000636901 7706 ntTSL 5 BASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MIR424-201ENST00000362227 98 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNU4-82P-201ENST00000362443 140 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
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USP4Q13107 Y_RNA.377-201ENST00000365644 108 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RNA5SP270-201ENST00000411361 118 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 MRPL35P3-201ENST00000421557 364 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 LINC00393-201ENST00000443621 282 ntTSL 3 BASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 RPL23AP6-201ENST00000446637 472 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 AC003982.1-202ENST00000469928 248 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 U1.36-201ENST00000620684 176 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
USP4Q13107 CLLU1-201ENST00000378485 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.84□□□□□ -1.96
USP4Q13107 Y_RNA.95-201ENST00000363079 95 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
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USP4Q13107 SNORA74.3-201ENST00000517108 154 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AL049779.4-201ENST00000604500 156 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 MIR8055-201ENST00000610739 97 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 IGLL4P-201ENST00000614590 133 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SLC8A1-AS1-230ENST00000627538 212 ntTSL 5 BASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNF219-AS1-214ENST00000607862 6001 ntTSL 1 (best) BASIC2.83□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC007370.2-201ENST00000506899 2694 ntTSL 5 BASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 MIR26A1-201ENST00000362205 77 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 Y_RNA.190-201ENST00000363964 101 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU1-138P-201ENST00000384093 164 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 Y_RNA.467-201ENST00000384297 102 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU6-1275P-201ENST00000391087 107 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 BTF3P4-201ENST00000418852 495 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 snoU13.16-201ENST00000459350 104 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC009093.3-203ENST00000565800 121 ntTSL 2 BASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 ST7-OT3_3.1-201ENST00000611709 115 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 CHD9-202ENST00000398510 11337 ntTSL 1 (best) BASIC2.82□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU6-1313P-201ENST00000362622 102 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SNORA1.1-201ENST00000364671 133 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SNORD115-35-201ENST00000365122 82 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AL451046.2-201ENST00000403074 277 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNA5SP100-201ENST00000410903 110 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNA5SP59-201ENST00000410922 110 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNA5SP508-201ENST00000411327 119 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SUMO1P4-201ENST00000429430 302 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC245047.7-201ENST00000440265 293 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
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