Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC092783.1-201ENST00000435832 231 ntTSL 3 BASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 HMGN2P23-201ENST00000456759 269 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 AC079804.2-201ENST00000490376 200 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU6-772P-201ENST00000516042 105 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 SNORA18.7-201ENST00000516910 131 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU7-181P-201ENST00000517234 74 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 SNORD115-40-201ENST00000606510 82 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 MIR6840-201ENST00000611937 71 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 AC005336.3-201ENST00000623833 2679 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU6-661P-201ENST00000362409 107 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU6-1290P-201ENST00000362957 109 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 Y_RNA.140-201ENST00000363474 103 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU6-457P-201ENST00000363999 107 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 Y_RNA.241-201ENST00000364470 117 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 SNORA27-201ENST00000384323 126 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 MIR1267-201ENST00000408723 78 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 AC004965.1-201ENST00000413033 213 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 JTBP1-201ENST00000441314 247 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RPS26P48-201ENST00000491713 339 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 MIR4287-201ENST00000579398 78 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 AL359881.1-201ENST00000602916 267 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 MIR6766-201ENST00000622641 72 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 BRCA1-202ENST00000354071 4497 ntTSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.06
USP53Q70EK8 RNU6-414P-201ENST00000363705 104 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.164-201ENST00000363709 102 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SNORA1.2-201ENST00000365189 134 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.351-201ENST00000365436 96 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.525-201ENST00000384570 113 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6ATAC3P-201ENST00000387974 126 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 TRAJ23-201ENST00000390514 63 ntAPPRIS P1 BASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-735P-201ENST00000410612 107 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.629-201ENST00000411368 105 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU7-80P-201ENST00000459562 61 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC090821.2-201ENST00000523552 176 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR4713-201ENST00000582691 75 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC108081.1-201ENST00000604358 221 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC095038.3-201ENST00000634439 195 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SCN7A-206ENST00000619410 7186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SCN7A-207ENST00000621965 7186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AL596028.1-201ENST00000326971 197 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-439P-201ENST00000384188 106 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.494-201ENST00000384432 111 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AL023284.1-201ENST00000403956 276 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU7-70P-201ENST00000516941 66 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR219B-201ENST00000637023 88 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR3914-2-201ENST00000637339 95 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 OR5M1-202ENST00000641076 4302 ntAPPRIS P1 BASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-349P-201ENST00000362402 107 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.273-201ENST00000364703 102 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SNORD58C-201ENST00000365223 64 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.454-201ENST00000384224 113 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SNORD123-201ENST00000459473 70 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU7-96P-201ENST00000459535 64 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RN7SKP19-201ENST00000516016 252 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SUMO2P16-201ENST00000519475 264 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC133485.4-201ENST00000561835 220 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC138907.4-201ENST00000570107 226 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC004148.1-201ENST00000571506 398 ntTSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR4299-201ENST00000577899 72 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 FAM106DP-201ENST00000586416 501 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC091932.4-201ENST00000623386 200 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIER3-202ENST00000381199 5188 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.13□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU1-133P-201ENST00000364867 167 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR17-201ENST00000385012 84 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RPL23AP6-201ENST00000446637 472 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RPS29P24-201ENST00000486345 171 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC103879.1-201ENST00000503093 255 ntTSL 2 BASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-998P-201ENST00000515894 101 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-917P-201ENST00000516294 104 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 IGKV1-22-201ENST00000524313 326 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 BRDT-206ENST00000402388 3125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SCN7A-201ENST00000409855 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 KNL1-204ENST00000527044 5404 ntTSL 5 BASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-834P-201ENST00000362367 110 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 Y_RNA.370-201ENST00000365589 108 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIRLET7F2-201ENST00000385277 83 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC107297.1-201ENST00000459991 176 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU2-13P-201ENST00000515909 113 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-1061P-201ENST00000516530 99 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-295P-201ENST00000516901 104 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR548AR-201ENST00000582191 57 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 TP73-AS1.1-201ENST00000611447 161 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 THOC2-216ENST00000491737 4452 ntTSL 5 BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AP003174.1-201ENST00000306533 376 ntTSL 2 BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNY1P6-201ENST00000384193 109 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR653-201ENST00000385279 96 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 HMGN2P38-201ENST00000423806 265 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 TTTY16-201ENST00000437686 192 ntTSL 1 (best) BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC090255.1-201ENST00000495779 349 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 RNU6-781P-201ENST00000516377 101 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SNORA74.3-201ENST00000517108 154 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AP001363.1-201ENST00000544108 264 ntTSL 3 BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SNORA77B-201ENST00000578179 125 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 DLEU2_5.2-201ENST00000610606 84 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC009831.4-201ENST00000620744 325 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 MIR6132-201ENST00000622083 109 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AC106754.2-201ENST00000623006 233 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 HAS2-201ENST00000303924 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 SENP7-206ENST00000394094 4703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.09□□□□□ -2.07
USP53Q70EK8 AL596211.1-201ENST00000569873 2277 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 173 ms