Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 MIR513A1-201ENST00000385138 129 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.587-201ENST00000391210 103 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC004941.2-201ENST00000427009 228 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNRPGP8-201ENST00000454064 226 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-437P-201ENST00000459408 95 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNORA70.12-201ENST00000516084 153 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU4-71P-201ENST00000516258 113 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC133485.1-201ENST00000567176 124 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC138907.6-201ENST00000568401 126 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR8087-201ENST00000612745 78 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC106754.2-201ENST00000623006 233 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC006435.5-201ENST00000624486 112 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR3658-201ENST00000636291 56 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR376A2-201ENST00000636782 80 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 OSBPL1A-217ENST00000638614 84 ntTSL 5 BASIC0.95□□□□□ -2.26
SHHQ15465 DEFB131A-201ENST00000334879 213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-508P-201ENST00000363231 103 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-774P-201ENST00000363238 107 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-1130P-201ENST00000365434 107 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNORA22-201ENST00000383907 134 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-804P-201ENST00000384286 107 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.486-201ENST00000384398 107 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNORA22C-201ENST00000384614 134 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.571-201ENST00000384753 98 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR526A1-201ENST00000384897 85 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU7-34P-201ENST00000459394 64 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 OR2A41P-201ENST00000473586 105 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC114811.1-201ENST00000507207 168 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-1278P-201ENST00000516130 107 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNA5SP168-201ENST00000516642 112 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-255P-201ENST00000516957 105 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-341P-201ENST00000516973 96 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-794P-201ENST00000517261 64 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNORA81.3-201ENST00000517283 198 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC007751.1-201ENST00000529260 376 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.182-201ENST00000363880 111 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.262-201ENST00000364641 102 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.494-201ENST00000384432 111 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-1031P-201ENST00000384773 107 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR516B2-201ENST00000385190 85 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AL606845.1-201ENST00000404881 255 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNA5SP193-201ENST00000410353 107 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-710P-201ENST00000410424 105 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU2-64P-201ENST00000411315 191 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SNX2P2-201ENST00000424553 323 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AL360175.1-201ENST00000426547 285 ntTSL 5 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SEPT7P4-201ENST00000437076 306 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 LINC01073-201ENST00000441659 149 ntTSL 3 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AL353743.2-204ENST00000456242 419 ntTSL 3 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC097501.2-201ENST00000502668 305 ntTSL 5 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC097716.1-201ENST00000509136 180 ntTSL 2 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.666-201ENST00000516187 112 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-346P-201ENST00000516288 111 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 SUMO2P16-201ENST00000519475 264 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AL512310.8-201ENST00000550183 120 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC025887.1-201ENST00000578349 264 ntTSL 3 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AP001178.1-201ENST00000584679 268 ntTSL 3 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC032019.2-201ENST00000584916 403 ntTSL 5 BASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.802-201ENST00000614892 130 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC021753.1-201ENST00000635724 168 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.8-201ENST00000362353 102 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.23-201ENST00000362496 106 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 AC092783.1-201ENST00000435832 231 ntTSL 3 BASIC0.92□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC122707.1-201ENST00000502882 219 ntTSL 2 BASIC0.92□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC137770.1-201ENST00000504620 530 ntTSL 3 BASIC0.92□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 CTDSPL2-202ENST00000558373 4255 ntTSL 1 (best) BASIC0.91□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 RNU6-1020P-201ENST00000363684 107 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 Y_RNA.233-201ENST00000364407 101 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.265-201ENST00000364677 108 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 MIR548A2-201ENST00000384956 97 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR548I3-201ENST00000408378 149 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR548I1-201ENST00000408810 149 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RN7SKP200-201ENST00000410564 320 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU6-1135P-201ENST00000411083 103 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
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SHHQ15465 RNU6-917P-201ENST00000516294 104 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 RNU7-149P-201ENST00000516739 59 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
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