Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-763P-201ENST00000390865 106 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA12.1-201ENST00000390873 148 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP511-201ENST00000410487 115 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL365434.1-201ENST00000412362 380 ntTSL 3 BASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-221P-201ENST00000459541 99 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC099513.1-201ENST00000490423 301 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC074133.1-201ENST00000515696 183 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU2-34P-201ENST00000516534 121 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1271P-201ENST00000517049 105 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA77B-201ENST00000578179 125 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR4753-201ENST00000585119 83 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC006006.1-201ENST00000603082 144 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Six3os1_7.1-201ENST00000621512 201 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 snoZ196.1-201ENST00000625269 89 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 snoU18.1-201ENST00000629629 71 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL159152.1-201ENST00000635019 2587 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR410-201ENST00000362222 80 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.288-201ENST00000364854 92 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA4.2-201ENST00000365313 147 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.361-201ENST00000365515 120 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.526-201ENST00000384572 110 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-21P-201ENST00000384710 107 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6ATAC23P-201ENST00000408448 123 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP475-201ENST00000410568 110 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 POLR2KP2-201ENST00000438155 177 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 JTBP1-201ENST00000441314 247 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC069257.2-201ENST00000441819 155 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RPS26P55-201ENST00000471178 356 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC011406.1-201ENST00000512440 370 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SERF1AP1-201ENST00000514575 187 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1337P-201ENST00000516525 95 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP481-201ENST00000516814 122 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1198P-201ENST00000516904 67 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SUMO2P18-201ENST00000518873 252 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC022559.1-201ENST00000520905 205 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC005357.1-201ENST00000588399 301 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 TTC28-AS1_2.1-201ENST00000611117 157 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SPTSSB-205ENST00000620149 231 ntAPPRIS P1 BASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 ICE2P2-201ENST00000483823 2787 ntBASIC1.11□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC018630.2-201ENST00000534866 2403 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA27.1-201ENST00000362604 124 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.274-201ENST00000364714 101 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 U8.7-201ENST00000364940 136 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.350-201ENST00000365409 98 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1289P-201ENST00000384431 106 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-907P-201ENST00000390924 102 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC005042.3-201ENST00000453230 174 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-856P-201ENST00000516959 98 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR5094-201ENST00000578766 85 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC069114.2-201ENST00000604699 304 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AP000942.4-201ENST00000604811 241 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD113-5-201ENST00000607261 78 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC004832.4-201ENST00000608952 331 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR6857-201ENST00000613267 93 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR338-201ENST00000636369 67 ntBASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 HECTD2-202ENST00000371667 4354 ntTSL 1 (best) BASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 CHST9-202ENST00000581714 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.1□□□□□ -2.23
SHHQ15465 ZNF415-224ENST00000601493 2132 ntTSL 1 (best) BASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU4-90P-201ENST00000362773 141 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.152-201ENST00000363578 100 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-271P-201ENST00000363858 105 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.188-201ENST00000363952 111 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.217-201ENST00000364214 105 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA63D-201ENST00000364359 132 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-923P-201ENST00000364753 107 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.310-201ENST00000365063 113 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-117P-201ENST00000365415 107 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-47P-201ENST00000383866 107 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.416-201ENST00000384014 113 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.433-201ENST00000384089 102 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1235P-201ENST00000384559 107 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR520A-201ENST00000384862 85 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR532-201ENST00000385025 91 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP109-201ENST00000391010 116 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-493P-201ENST00000391321 108 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR300-201ENST00000401138 83 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MTCO2P33-201ENST00000402100 465 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6ATAC19P-201ENST00000408096 110 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
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SHHQ15465 RNU6-383P-201ENST00000410864 94 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU5A-5P-201ENST00000411054 116 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU2-61P-201ENST00000411069 191 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC078851.1-201ENST00000415918 298 ntTSL 3 BASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 HSPE1P9-201ENST00000440046 311 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL138808.1-201ENST00000441428 371 ntTSL 2 BASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 LINC02534-201ENST00000446525 283 ntTSL 3 BASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL583859.1-201ENST00000455871 335 ntTSL 3 BASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.641-201ENST00000459414 105 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-498P-201ENST00000459468 107 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RPS27P22-201ENST00000478056 241 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SEPT14P8-201ENST00000508026 178 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP20-201ENST00000515976 84 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU2-31P-201ENST00000516954 155 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC130289.1-201ENST00000577321 73 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR4714-201ENST00000580728 77 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AP001485.1-201ENST00000604799 199 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 U2.14-201ENST00000615943 113 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Hammerhead_HH9.1-201ENST00000616606 77 ntBASIC1.09□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.136-201ENST00000363444 102 ntBASIC1.08□□□□□ -2.24
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