| RUNX3 | Q13761 | RNU6-651P-201 | ENST00000411040 | 105 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND1P19-201 | ENST00000511780 | 315 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA70.12-201 | ENST00000516084 | 153 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.680-201 | ENST00000516441 | 93 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP481-201 | ENST00000516814 | 122 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.193-201 | ENST00000363979 | 102 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.341-201 | ENST00000365341 | 102 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-326P-201 | ENST00000365480 | 107 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-360P-201 | ENST00000390944 | 104 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC19P-201 | ENST00000408096 | 110 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1302-6-201 | ENST00000408466 | 90 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-7P-201 | ENST00000410794 | 178 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC245047.3-201 | ENST00000429428 | 127 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099513.1-201 | ENST00000490423 | 301 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1278P-201 | ENST00000516130 | 107 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA44.1-201 | ENST00000517031 | 108 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1096P-201 | ENST00000517089 | 102 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC107973.1-201 | ENST00000530249 | 576 nt | TSL 4 BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA4-201 | ENST00000584302 | 138 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012433.1-201 | ENST00000588916 | 398 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL929325.1-201 | ENST00000603096 | 117 nt | BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FANCD2-213 | ENST00000625535 | 117 nt | TSL 5 BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068733.3-201 | ENST00000632757 | 269 nt | TSL 3 BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011604.2-202 | ENST00000540229 | 2451 nt | APPRIS P5 TSL 2 BASIC | 1.31 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC134026.1-201 | ENST00000623249 | 2239 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MT-CO2-201 | ENST00000361739 | 684 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA1B-201 | ENST00000362535 | 133 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.117-201 | ENST00000363294 | 101 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.217-201 | ENST00000364214 | 105 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.267-201 | ENST00000364679 | 109 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-22-201 | ENST00000365423 | 72 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA72.4-201 | ENST00000384174 | 132 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-196P-201 | ENST00000384315 | 107 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-763P-201 | ENST00000390865 | 106 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104332.1-201 | ENST00000440471 | 797 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC245517.4-201 | ENST00000448601 | 281 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.19-201 | ENST00000459095 | 133 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU13.27-201 | ENST00000459278 | 104 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.641-201 | ENST00000459414 | 105 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.637-201 | ENST00000459424 | 114 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4ATAC11P-201 | ENST00000515939 | 126 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4643-201 | ENST00000577473 | 78 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U91328.3-201 | ENST00000608931 | 354 nt | TSL 3 BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL008718.3-201 | ENST00000610217 | 321 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.14-201 | ENST00000615943 | 113 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR8054-201 | ENST00000620877 | 86 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC095038.3-201 | ENST00000634439 | 195 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068647.2-201 | ENST00000637380 | 353 nt | BASIC | 1.3 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA25.1-201 | ENST00000362326 | 128 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1272P-201 | ENST00000362776 | 107 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.7-201 | ENST00000364940 | 136 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1080P-201 | ENST00000383982 | 107 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.456-201 | ENST00000384232 | 111 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-463P-201 | ENST00000384340 | 107 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA53-201 | ENST00000391141 | 249 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-710P-201 | ENST00000410424 | 105 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL161935.2-201 | ENST00000414627 | 60 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD127-201 | ENST00000458892 | 86 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-141P-201 | ENST00000459304 | 62 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU13.18-201 | ENST00000459483 | 104 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-94P-201 | ENST00000459576 | 63 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC117454.1-201 | ENST00000491120 | 168 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP61-201 | ENST00000516453 | 100 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC024405.2-202 | ENST00000532731 | 184 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CARD18-203 | ENST00000532895 | 422 nt | TSL 2 BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC100781.1-201 | ENST00000597142 | 383 nt | TSL 3 BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | 7SK.10-201 | ENST00000621414 | 298 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC100821.1-201 | ENST00000523153 | 2479 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FABP12-201 | ENST00000360464 | 551 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR335-201 | ENST00000362173 | 94 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR96-201 | ENST00000362288 | 78 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.14-201 | ENST00000362415 | 103 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.275-201 | ENST00000364726 | 110 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.452-201 | ENST00000384202 | 108 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.562-201 | ENST00000384695 | 113 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAJ39-201 | ENST00000390498 | 63 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-440P-201 | ENST00000390882 | 105 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BTF3P11-201 | ENST00000426582 | 477 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | COX6CP14-201 | ENST00000469580 | 174 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-341P-201 | ENST00000516973 | 96 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC136628.3-201 | ENST00000521868 | 290 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA77B-201 | ENST00000578179 | 125 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3149-201 | ENST00000584629 | 83 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005972.2-201 | ENST00000604690 | 348 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR8074-201 | ENST00000615081 | 81 nt | BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BRCA1-202 | ENST00000354071 | 4497 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ABCA5-201 | ENST00000392676 | 8220 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.28 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4C11-202 | ENST00000641580 | 2737 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRIQ3-204 | ENST00000395089 | 2673 nt | APPRIS P2 TSL 5 BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBE2WP1-201 | ENST00000362030 | 340 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-740P-201 | ENST00000364734 | 105 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.477-201 | ENST00000384352 | 108 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR194-1-201 | ENST00000384892 | 85 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR489-201 | ENST00000384923 | 84 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR758-201 | ENST00000390227 | 88 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO2P33-201 | ENST00000402100 | 465 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL603910.2-201 | ENST00000407268 | 136 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | JTBP1-201 | ENST00000441314 | 247 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | STAG3L5P-204 | ENST00000443759 | 179 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC233266.1-201 | ENST00000454518 | 96 nt | BASIC | 1.27 | □□□□□ -2.21 | | |