| RUNX3 | Q13761 | AC068700.1-201 | ENST00000565862 | 3754 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-90P-201 | ENST00000362773 | 141 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.118-201 | ENST00000363300 | 101 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.796-201 | ENST00000364268 | 102 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.799-201 | ENST00000364992 | 102 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-203P-201 | ENST00000384038 | 104 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.461-201 | ENST00000384263 | 103 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR520A-201 | ENST00000384862 | 85 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA12.1-201 | ENST00000390873 | 148 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018511.2-201 | ENST00000413431 | 189 nt | TSL 3 BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO1P5-201 | ENST00000433573 | 344 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | POLR2KP2-201 | ENST00000438155 | 177 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP57-201 | ENST00000459463 | 123 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC097501.2-201 | ENST00000502668 | 305 nt | TSL 5 BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-172P-201 | ENST00000517125 | 64 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P9-201 | ENST00000556149 | 474 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4285-201 | ENST00000581001 | 85 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL162730.1-201 | ENST00000605734 | 292 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103810.8-201 | ENST00000607347 | 118 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359075.3-201 | ENST00000613288 | 217 nt | BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF260-205 | ENST00000593142 | 4047 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008781.2-201 | ENST00000502205 | 2480 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.37 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-7-201 | ENST00000362520 | 77 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-136P-201 | ENST00000384663 | 107 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snosnR66.1-201 | ENST00000391095 | 99 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SUMO1P2-201 | ENST00000452524 | 304 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-98P-201 | ENST00000458992 | 160 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091021.1-201 | ENST00000468051 | 388 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-99P-201 | ENST00000516271 | 62 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-191P-201 | ENST00000516295 | 94 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1338P-201 | ENST00000516328 | 91 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099850.3-201 | ENST00000577678 | 321 nt | TSL 3 BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3660-201 | ENST00000584845 | 100 nt | BASIC | 1.36 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007370.2-201 | ENST00000506899 | 2694 nt | TSL 5 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.122-201 | ENST00000363331 | 96 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.136-201 | ENST00000363444 | 102 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.149-201 | ENST00000363558 | 117 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.176-201 | ENST00000363815 | 109 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-271P-201 | ENST00000363858 | 105 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.191-201 | ENST00000363972 | 113 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1048P-201 | ENST00000364054 | 107 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.237-201 | ENST00000364439 | 102 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.310-201 | ENST00000365063 | 113 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-439P-201 | ENST00000384188 | 106 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.518-201 | ENST00000384552 | 113 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.569-201 | ENST00000384749 | 103 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-713P-201 | ENST00000384761 | 107 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAJ23-201 | ENST00000390514 | 63 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP323-201 | ENST00000391094 | 133 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA40.6-201 | ENST00000391153 | 128 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR934-201 | ENST00000401241 | 83 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP511-201 | ENST00000410487 | 115 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-14P-201 | ENST00000411053 | 191 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AJ239322.2-201 | ENST00000421696 | 575 nt | TSL 5 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAR2P3-204 | ENST00000434661 | 444 nt | TSL 2 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPE1P9-201 | ENST00000440046 | 311 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC069257.2-201 | ENST00000441819 | 155 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CPHL1P-203 | ENST00000471823 | 523 nt | TSL 5 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRBVB-201 | ENST00000477100 | 408 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004223.1-201 | ENST00000479840 | 271 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008834.1-201 | ENST00000511612 | 175 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1143P-201 | ENST00000516125 | 104 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA31.10-201 | ENST00000516482 | 106 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-142P-201 | ENST00000516682 | 145 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA24.2-201 | ENST00000516968 | 130 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB108E-201 | ENST00000524692 | 240 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4503-201 | ENST00000582187 | 83 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091178.2-201 | ENST00000584401 | 117 nt | BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC135050.6-201 | ENST00000610813 | 528 nt | TSL 3 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01359-207 | ENST00000634799 | 487 nt | TSL 5 BASIC | 1.35 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PPP1R3A-201 | ENST00000284601 | 4384 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-855P-201 | ENST00000410395 | 104 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP51-201 | ENST00000410781 | 304 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-38P-201 | ENST00000410856 | 79 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS4XP11-201 | ENST00000446897 | 772 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPE1P13-201 | ENST00000451143 | 297 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS20P10-201 | ENST00000451209 | 253 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC108516.1-201 | ENST00000503666 | 257 nt | TSL 2 BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL122017.1-202 | ENST00000570612 | 319 nt | TSL 5 BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3198-2-201 | ENST00000577868 | 80 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4452-201 | ENST00000583004 | 71 nt | BASIC | 1.34 | □□□□□ -2.19 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018630.2-201 | ENST00000534866 | 2403 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-801P-201 | ENST00000364087 | 105 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.368-201 | ENST00000365547 | 113 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-376P-201 | ENST00000384731 | 106 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAJ41-201 | ENST00000390496 | 62 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA26.5-201 | ENST00000391215 | 123 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010154.1-201 | ENST00000425857 | 269 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL162725.1-201 | ENST00000435405 | 301 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL36AP21-201 | ENST00000490372 | 323 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091959.1-201 | ENST00000495857 | 238 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SERF1AP1-201 | ENST00000514575 | 187 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.668-201 | ENST00000516233 | 93 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1291P-201 | ENST00000516591 | 104 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-31P-201 | ENST00000516954 | 155 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001178.1-201 | ENST00000584679 | 268 nt | TSL 3 BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6079-201 | ENST00000635807 | 62 nt | BASIC | 1.33 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR126-201 | ENST00000362291 | 85 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.144-201 | ENST00000363521 | 113 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-662P-201 | ENST00000384253 | 104 nt | BASIC | 1.32 | □□□□□ -2.2 | | |