Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC008264.2-201ENST00000610193 3731 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SLCO1B3-201ENST00000261196 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.37-201ENST00000362606 108 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-461P-201ENST00000364195 107 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.328-201ENST00000365208 113 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-905P-201ENST00000384434 107 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNA5SP229-201ENST00000410809 99 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RN7SKP284-201ENST00000411002 343 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 HMGN1P18-201ENST00000457642 277 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RN7SL863P-201ENST00000462370 296 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNORD45.4-201ENST00000516629 73 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU7-70P-201ENST00000516941 66 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 CTSLP2-204ENST00000629029 392 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 ZNF280C-201ENST00000370978 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 GMFB-208ENST00000554908 6721 ntTSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 DMD-201ENST00000288447 3856 ntTSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 ZNF720P1-201ENST00000562403 1939 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 GYPA-201ENST00000324022 751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.49-201ENST00000362714 112 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNY4P6-201ENST00000363667 96 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.348-201ENST00000365403 103 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR1289-1-201ENST00000408836 144 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC009238.1-201ENST00000442165 424 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC009237.6-201ENST00000446969 424 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AL020994.3-201ENST00000449126 274 ntTSL 3 BASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RPL39P34-201ENST00000477141 156 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC131956.1-201ENST00000506420 258 ntTSL 2 BASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNA5SP341-201ENST00000516261 117 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNY4P20-201ENST00000516678 93 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNORD36C-201ENST00000516733 66 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC104027.1-201ENST00000521887 300 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AP001318.4-201ENST00000616637 121 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 LRRTM2-201ENST00000274711 6017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 BCLAF1-205ENST00000527536 5371 ntTSL 5 BASIC3.37□□□□□ -1.87
USP4Q13107 ROCK2-203ENST00000401753 4017 ntTSL 1 (best) BASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 ZBTB20-201ENST00000357258 27125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SLCO1B3-202ENST00000381545 2805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-349P-201ENST00000362402 107 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-414P-201ENST00000363705 104 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNA5SP493-201ENST00000364115 91 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 U8.5-201ENST00000364528 136 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR759-201ENST00000390224 91 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AL445646.1-201ENST00000431784 216 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNRPGP14-201ENST00000435400 219 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC107083.1-201ENST00000439643 279 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNORA64.4-201ENST00000516632 81 ntBASIC3.36□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 NBPF20-201ENST00000369373 18760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.36□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 CEP57L1-201ENST00000359793 2515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.35□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 Y_RNA.213-201ENST00000364178 111 ntBASIC3.35□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNA5SP281-201ENST00000516504 135 ntBASIC3.35□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC021443.1-201ENST00000604478 211 ntBASIC3.35□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RICTOR-201ENST00000296782 7505 ntTSL 1 (best) BASIC3.35□□□□□ -1.87
USP4Q13107 IL6ST-201ENST00000336909 8776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.35□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 RNU1-133P-201ENST00000364867 167 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 U8.17-201ENST00000391292 132 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RPL21P3-201ENST00000395517 478 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
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USP4Q13107 S100A11P2-201ENST00000467589 312 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RN7SL297P-201ENST00000483161 293 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC010210.1-203ENST00000513905 260 ntTSL 3 BASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SUMO2P16-201ENST00000519475 264 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 NCRNA00250-201ENST00000519500 519 ntTSL 4 BASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR3616-201ENST00000584070 92 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-94P-201ENST00000607728 107 ntBASIC3.34□□□□□ -1.87
USP4Q13107 TCF12-203ENST00000343827 3956 ntTSL 1 (best) BASIC3.34□□□□□ -1.88
USP4Q13107 NOC3L-201ENST00000371361 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.34□□□□□ -1.88
USP4Q13107 MKLN1-201ENST00000352689 11156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 VPS13C-203ENST00000395896 14579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 MIR422A-201ENST00000362286 90 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORD56.3-201ENST00000363507 71 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-640P-201ENST00000363693 105 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.323-201ENST00000365157 109 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.336-201ENST00000365307 109 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.351-201ENST00000365436 96 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.362-201ENST00000365518 110 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.440-201ENST00000384120 114 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA7.4-201ENST00000384249 137 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-1113P-201ENST00000384348 107 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 MT-TI-201ENST00000387365 69 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNA5SP482-201ENST00000391269 118 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-938P-201ENST00000411285 103 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC245047.3-201ENST00000429428 127 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AL606517.2-201ENST00000442855 241 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
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