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| MCTP1 | Q6DN14 | SNORA31.20-201 | ENST00000517111 | 133 nt | BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | CLRN1-AS1.1-201 | ENST00000615643 | 79 nt | BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | U6.115-201 | ENST00000636045 | 103 nt | BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AL365440.2-201 | ENST00000419738 | 2597 nt | TSL 2 BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AF165147.1-201 | ENST00000433310 | 6103 nt | TSL 2 BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AC100800.1-201 | ENST00000524252 | 2054 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.63 | □□□□□ -1.83 | | |
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| MCTP1 | Q6DN14 | RNU6-107P-201 | ENST00000516643 | 102 nt | BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AL078612.1-201 | ENST00000533009 | 150 nt | TSL 5 BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
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| MCTP1 | Q6DN14 | AC245427.9-201 | ENST00000633713 | 53 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | TDRD15-201 | ENST00000405799 | 6135 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | MYOT-201 | ENST00000239926 | 2337 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | LRRC49-224 | ENST00000560691 | 2531 nt | TSL 2 BASIC | 3.6 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | SLC9C1-205 | ENST00000487372 | 3979 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | NUDT12-201 | ENST00000230792 | 3492 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
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| MCTP1 | Q6DN14 | MIR4506-201 | ENST00000584693 | 77 nt | BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AL138880.2-201 | ENST00000616214 | 239 nt | BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | MIR548AY-201 | ENST00000617669 | 107 nt | BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AC027309.3-201 | ENST00000623419 | 351 nt | BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | STAU2-201 | ENST00000355780 | 4061 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.83 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | FILIP1L-206 | ENST00000471562 | 2854 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | EYS-202 | ENST00000342421 | 2168 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.59 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AC108206.1-201 | ENST00000570186 | 4159 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | Y_RNA.91-201 | ENST00000363042 | 107 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | SNORD67-201 | ENST00000390833 | 111 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RN7SL633P-201 | ENST00000488974 | 297 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AL049874.1-201 | ENST00000489560 | 388 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AC020895.1-201 | ENST00000595362 | 272 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | Hammerhead_HH10.1-201 | ENST00000620658 | 125 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | AL049781.1-201 | ENST00000623195 | 3585 nt | BASIC | 3.58 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | LRRD1-203 | ENST00000430130 | 2661 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | ADAMTS9-AS1-207 | ENST00000594810 | 3609 nt | TSL 4 BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RNU6-173P-201 | ENST00000364215 | 104 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | SNORA63D-201 | ENST00000364359 | 132 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | Y_RNA.361-201 | ENST00000365515 | 120 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | C6orf10-202 | ENST00000375015 | 2173 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | MIS12-201 | ENST00000381165 | 2505 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | SNORD15B-201 | ENST00000384714 | 146 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RNA5SP274-201 | ENST00000410484 | 108 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RN7SKP123-201 | ENST00000410732 | 291 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RNU6-1245P-201 | ENST00000411130 | 106 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |
| MCTP1 | Q6DN14 | RN7SKP101-201 | ENST00000411376 | 320 nt | BASIC | 3.57 | □□□□□ -1.84 | | |